An Engineer position is available in the team headed by D. Wendehemme at Dijon  (UMR 1347 Agroécologie INRA/Université de Bourgogne/AgroSup Dijon)

Post-doc in Plant Functional Genomics and Biochemistry dedicated to collaboration with industry (Plant Advanced Technologies: http://www.plantadvanced.com).

 The position is opened at CNRS Institute of Plant Molecular Biology (IBMP, http://ibmp.u-strasbg.fr/), one of the centers of excellence in Plant Sciences in EU, in the Plant Cytochromes P450 group with international reputation in plant metabolism and functional genomics, biochemistry and enzymology of cytochrome P450 enzymes.

A engineer position (3 years) is open in the BIOGER department : here

Un poste CDD ingénieur d’étude (3 ans) au sein de l’UMR BIOGER (INRA/AgroParisTech).

Ingénieur en biologie moléculaire fongique

Post-doctoral position on poplar rust fungus effectors at INRA Nancy (France)

A one-year post-doc position is available in the EcoGenomic of Interactions team at INRA Nancy starting in november 2013 on the functional analysis of the poplar-poplar rust fungus pathosystem.  This position is supported POPRUST and the INTEGRARUST projects (french ANR & Labex ARBRE).

Context: Through genomics and transcriptomics, our team has selected a list of promising candidate effectors from the rust fungus pathogen Melampsora larici-populina that we would like to further study to understand their role during host infection. The present project is a follow-up of a former post-doc, thus candidate effectors selection has already been established in the lab.

Duties: In the present project, the successful applicant will focus on the most promising effectors towards their production (recombinant proteins in E. coli, structure and localization, with engaged collaborations for NMR & crystallography) and the search for plant partners both in poplar host plants and heterologous systems.

Qualifications: The applicant should have past experience in molecular biology, host-microbe interaction, biochemistry and microscopy.

Duration:  12 months, starting in November 2013

Place of work:  The EGI Lab is part of the Tree-Microbe Interactions Department (http://mycor.nancy.inra.fr/IAM/) offers a creative and stimulating international environment and is one of six departments making up the cluster of Laboratoires d’Excellence (LabEx) ARBRE (http://mycor.nancy.inra.fr/ARBRE/). Our lab is located in the Lorraine INRA Center (trees and forest ecosystems research center) which is in the middle of the Champenoux forest just 20 kilometers from the city of Nancy in north-eastern France. The successful applicant will be based at the INRA Center in the EGI Lab but will work in close collaboration with biochemists also part of our department at the Université de Lorraine.

How to apply? Please send your CV and a cover letter describing your research experience and research interests as well as your research goals by email to duplessi@nancy.inra.fr. Include reference(s) from former lab(s) and pdf or links to selected publications.

Contact: 

Dr Sébastien Duplessis (INRA scientist)
http://mycor.nancy.inra.fr/GIteam/?page_id=13
e-mail, duplessi@nancy.inra.fr
UMR 1136 Interactions Arbre-Microorganismes
Equipe EcoGénomique des Interactions
Centre INRA Nancy Lorraine
54280 Champenoux
France

Published papers from the team related to the project

• Haquard S, Joly DJ, Lin Y-C, Tisserant E, Feau N, Delaruelle C, Legué V, Kohler A, Tanguay P, Petre B, Frey P, Van De Peer Y, Rouzé P, Martin F, Hamelin RC, Duplessis S (2012) A comprehensive analysis of genes encoding small secreted proteins identifies candidate effectors in Melampsora larici-populina (poplar leaf rust). Molecular Plant-Microbe Interactions, 25:279-293.

• Duplessis S, Cuomo CA, Lin Y-C, Aerts A, Tisserant E, Veneault-Fourrey C, Joly DL, Hacquard S, et al. (2011) Obligate biotrophy features unraveled by the genomic analysis of rust fungi. Proceedings of the National Academy of Science USA, 108:9166-9171. Open Access.

• Duplessis S, Hacquard S, Delaruelle C, Tisserant E, Frey P, Martin F, Kohler A (2011) Melampsora larici-populina transcript profiling during germination and time-course infection of poplar leaves reveals dynamic expression patterns associated with virulence and biotrophy. Molecular Plant-Microbe Interactions, 24:808-818.

• Duplessis S, Joly DJ, Dodds PN (2012) Rust effectors. Chapter 7 In Effectors in Plant-Microbes Interactions, Martin F and Kamoun S (eds), Wiley-Blackwell, pp-155-193.

• Hacquard S, Petre B, Frey P, Hecker A, Rouhier N, Duplessis S (2011) The poplar-poplar rust interaction: insights from genomics and transcriptomics. Journal of Pathogens Vol. 2011, Article ID 716041, 11 pages (doi:10.4061/2011/716041)

Analyse fonctionnelle des protéines participant à l’assemblage des centres fer-soufre dans le chloroplaste

 UMR IaM Interactions Arbres Microorganismes, Equipe réponse aux stress et régulation redox.

Le fer est essentiel pour la nutrition des plantes mais il peut également être toxique à travers la formation d’espèces oxygénées réactives pouvant conduire à un stress oxydant. Ce métal est prépondérant pour de nombreux processus physiologiques (photosynthèse, respiration, assimilation du soufre et de l’azote) étant présent dans de nombreuses métalloprotéines, comme celles contenant des centres fer-soufre (Fe-S) et des hèmes. L’assemblage des centres Fe-S requiert des machineries spécifiques, toutefois le rôle exact des différentes protéines impliquées est encore peu caractérisé, en particulier chez les plantes.

L’objectif est de développer une analyse fonctionnelle de protéines candidates participant à la machinerie d’assemblage chloroplastique, appelée SUF (pour sulfur mobilisation). Nous souhaitons ainsi produire les protéines recombinantes correspondantes dans la bactérie Escherichia coli et les purifier afin de déterminer le type de centres fer-soufre qu’elles sont capables d’incorporer. Dans un second temps, leur capacité à interagir deux à deux sera testée à l’aide d’approches biochimiques et d’expériences de transfert in vitro de centres fer-soufre. Les interactions seront également vérifiées in vivo par des approches de double hybride en levure et in planta par des approches de co-immunoprécipitation et de co-localisation par fluorescence. Le développement de senseur fluorescent permettant de suivre in vivo et de manière dynamique l’assemblage de centres fer-soufre dans une protéine donnée sera également envisagé.

Contact : Pr Nicolas Rouhier, Membre junior de l’Institut Universitaire de France.

Mail : Nicolas.Rouhier@univ-lorraine.fr ; Tel : 03 83 68 42 25

Production scientifique récente majeure en lien avec le sujet:

1. Mapolelo DT, Zhang B, Randeniya S, Albetel AN, Li H, Outten CE, Couturier J, Rouhier N, Johnson MK. Monothiol glutaredoxins and A-type proteins: Partners in Fe-S cluster trafficking. Dalt trans. 2013, 42:3107-15.

2. Couturier J, Stroher E, Albetel AN, Roret T, Muthuramalingam M, Tarrago L, Seidel T, Tsan P, Jacquot JP, Johnson MK, Dietz KJ, Didierjean C, Rouhier N. Arabidopsis chloroplastic glutaredoxin C5 as a model to explore the molecular determinants for iron-sulfur cluster binding into glutaredoxins. J Biol Chem. 2011, 286:27515-27.

3. Bandyopadhyay S, Gama F, Molina-Navarro MM, Gualberto JM, Claxton R, Naik SG, Huynh BH, Herrero E, Jacquot JP, Johnson MK, Rouhier N. Chloroplast monothiol glutaredoxins as scaffold proteins for the assembly and delivery of [2Fe-2S] clusters. EMBO J. 2008, 27:1122-33.

4. Rouhier N, Hideaki Unno H, BandyopadhyayS, Masip L,Kim SK, Hirasawa M, Gualberto JM, Lattard V, Kusunoki M, Knaff DB, Georgiou G, Hase T, Johnson MK, Jacquot JP. Functional, structural and spectroscopic characterization of a glutathione-ligated [2Fe-2S] cluster in poplar glutaredoxin C1. Proc Natl Acad Sci USA 2007, 104(18):7379-84.

Autres indices de production scientifique :

99 articles dans des revues à comité de lecture international

Facteur h : 31

Nombre total de citations : 3065

Nombre moyen de citations par article : 31