Newcomer : Clémence MARCHAL

Name MARCHAL Clémence  Clemence_Marchal
Team Ecogenomics of interactions team
Supervisors S. Duplessis & C. Veneault-Fourrey
Subject Genome-Wide Analysis of Poplar Immune Receptors: re-annotation of NB-LRR, LRR-RLP and LRR-RLK genes and expression profiling during the interaction with biotrophic fungi (symbiotic & pathogen)
Type of study M2 Internship
Period February-July, 2015

La génomique au service de la gestion des truffières

La génomique au service de la gestion des truffières 

Pour lutter contre la disparition de la truffe, des chercheurs de l’Inra l’étudie depuis plus de quarante ans sous toutes les coutures : mycorhization contrôlée, génomique, physiologie, reproduction et écologie1. Magiques ou aphrodisiaques, on a souvent prêté à la truffe de nombreux pouvoirs. Aujourd’hui, elle est surtout appréciée par les gourmets prêts à dépenser des fortunes pour se procurer ces diamants de la cuisine. Qu’elle soit du Périgord, du Tricastin, de Teruel (Espagne) ou encore du Piémont (Italie), la championne des champignons est rare et donc chère : la truffe noire du Périgord (Tuber melanosporum) coûte en moyenne 500 €/kg. La truffe blanche du Piémont (T. magnatum) peut avoisiner 6000 €/kg. Son parfum varie en fonction du lieu où elle est cultivée, du terroir et de sa maturité. Grâce entre autres aux efforts de l’Inra depuis plus de quarante ans, la baisse de production observée au cours du 20ème siècle est enrayée. Les apports de l’Inra sont significatifs autant d’un point de vue scientifique, avec plus de 70 articles publiés dans des revues internationales dont deux dans la prestigieuse revue Nature, que d’un point de vue pratique avec la mise au point de l’inoculation des plants mycorhizés, qui associe en laboratoire l’arbre et la truffe, et l’amélioration des techniques culturales. Depuis 25 ans, la production est stable avec même une tendance à l’augmentation ces dernières années. Toutefois, malgré la mise en place à grande échelle de plantations de plants truffiers (environ 1000 hectares par an), ainsi que l’amélioration des techniques de gestion des truffières, nous n’avons pas encore retrouvé le niveau de production de la fin du 19ème siècle. La production française ne suffit plus à répondre à la demande, ce qui nécessite son importation accrue. Afin de pallier ce problème, six laboratoires et deux organisations professionnelles se sont regroupées autour du projet Systruf «Bases d’une intensification écologique durable des écosystèmes truffiers», financé par l’Agence Nationale de la Recherche. Pendant quatre ans (2010-2013), ce programme de recherche participative entre la recherche agronomique et la filière trufficole a étudié la biologie et l’écologie de la Truffe noire du Périgord sous différents aspects complémentaires : génomique, nutrition, développement, reproduction et interactions avec les plantes, les autres champignons et les bactéries du sol. Les chercheurs nous dévoilent ainsi une partie des mystères de la truffe. http://www.inra.fr/Grand-public/Genetique/Tous-les-dossiers/La-truffe-etudiee-sous-toutes-les-coutures

Truffinet

Biologistes et statisticiens explorent l’impact des communautés microbiennes sur le développement des truffes

Aurélie Deveau et Aurélie Gueudin consultent des documents sur ordinateur.

Aurélie Gueudin est maître de conférences à l’Institut Elie Cartan de Lorraine. L’an dernier, le groupe de travail qui se réunit chaque semaine pour traiter de statistiques a accueilli un exposé consacré à la modélisation de réseaux de gènes en biologie. Le sujet a attiré Aurélie Deveau : chargée de recherche au laboratoire Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), elle étudie les interactions entre les bactéries et les champignons. Très vite, l’idée germe de nouer une collaboration avec des collègues du LORIA et du CRAN.

« Dans un gramme de truffe, on dénombre un million de bactéries. Grâce aux nouvelles techniques de séquençage ADN, nous sommes en mesure de caractériser l’essentiel des espèces microbiennes présentes » explique Aurélie Deveau, « reste à tirer parti de cet inventaire pour comprendre l’impact des bactéries sur leur écosystème ». Dans le cas de la trufficulture, l’enjeu est de taille puisque la maturation du précieux champignon pourrait bien dépendre des interactions entre tous ces microorganismes, dont moins de 1% peuvent être cultivés en vue de manipulations en laboratoire.

Les données biologiques ont été confiées aux statisticiens et aux informaticiens, mis au défi d’élaborer des modèles d’analyse à même d’indiquer quels microorganismes interagissent ensemble. « Mais les statisticiens ont besoin de larges jeux de données, or nous ne pouvions pas en fournir tant » déplore Aurélie Deveau qui a pu recueillir un jeu de données élargi grâce au soutien du programme Projets Exploratoires Premier Soutien, PEPS Mirabelle 2014 dont le projet Truffinet est lauréat. Pour analyser ces données, « nous formulons diverses hypothèses simplificatrices pour faire émerger un système applicable à la truffe, mais aussi à d’autres situations » ajoute Aurélie Gueudin. La mathématicienne compte sur la comparaison des résultats statistiques avec les connaissances détenues par les biologistes pour valider ou non les modèles d’analyse déployés.

Bien que les chercheurs du CRAN soient plus coutumiers du traitement d’importants jeux de données, ils apportent leur concours à la partie conceptuelle du projet. Quant aux chercheurs du LORIA, il s’agit de faire bénéficier Truffinet de leurs compétences en algorithmique et en fouille de graphes. Quelle que soit l’issue de cette recherche exploratoire, la collaboration interdisciplinaire est un succès. « Nous nous comprenons bien, même si nous venons de disciplines différentes » constate Aurélie Gueudin. « Chacun a su se mettre au niveau de l’autre et faire abstraction du jargon propre à sa discipline » ajoute Aurélie Deveau.

Gay-Lussac Humbolt 2014 : N. Rouhier

La Fondation Alexander von Humboldt a décerné le Prix Gay-Lussac Humboldt à trois scientifiques en activité en France : Albert Fert, directeur scientifique au sein de l’Unité mixte de physique CNRS/Thales/Université Paris Sud, membre de l’Académie des sciences et Prix Nobel de Physique en 2007, Thomas Keller, professeur à l’Université de Provence, Université Aix-Marseille I, Centre des Lettres et Sciences Humaines, Département d’Etudes Germaniques et Nicolas Rouhier, professeur à l’Université de Lorraine, Unité mixte de recherche INRA/Université de Lorraine Interactions Arbres/Micro-organismes.

La candidature de N. Rouhier était présentée par le professeur Roland Lill, Institut für klinische Zytobiologie und Zytopathologie, Université de Marbourg.

http://factuel.univ-lorraine.fr/

2 new students: R. Schellenberger & T. Perrot

Name SCHELLENBERGER Romain  Romain Schellenberger
Team Ecogenomics of interactions team – Th.2
Supervisors Y. Daguerre/C. Veneault-Fourrey
Subject Effecteurs de symbiose et régulation hormonale
Type of study M2 Internship
Period February-July, 2015
Name PERROT Thomas  Perrot Thomas
Team Stress response and redox regulation team
Supervisor A. Hecker
Subject Contribution to the study of poplar glutathione transferases: identification and characterization of the substrates of these enzymes
Type of study M2 internship
Period February-July, 2015

Newcomers

Name LENTES Maxime  Maxime Lentes
Team Ecogenomics of interactions team
Supervisor M. Buée
Subject Validation of different primer pairs on fungal mock communities
Type of study/visit Internship (BTS)
Period January-February, 2015
Name BOUDIER Benjamin  Benjamin Boudier
Teams Ecogenomics of interactions & Ecology of forest pathogenic fungi teams
Supervisors M. Buée, C. Husson and B. Marcais
Subject Study of Oomycete diversity in French Guyana forests
Type of study/visit Master 2 internship
Period January-August, 2015
Name WEISS Laura  Laura Weiss
Team Ecogenomics of interactions team
Supervisors Joske Ruytinx & Francis Martin
Subject Characterization of symbiosis-induced transcription factors controlling MiSSP secretion in Laccaria bicolor
Type of study/visit Master 2 internship
Period January-June, 2015