Article: Biochemistry

Arabidopsis thaliana Nfu2 accommodates [2Fe-2S] or [4Fe-4S] clusters and is competent for in vitro maturation of chloroplast [2Fe-2S] and [4Fe-4S] cluster-containing proteins
H Gao, S Subramanian, J Couturier, SG Naik, SK Kim, T Leustek, DB Knaff, HC …
Biochemistry

Abstract

Nfu-type proteins are essential in the biogenesis of iron-sulfur (Fe-S) clusters in numerous organisms. A number of phenotypes including low levels of Fe-S cluster incorporation are associated with deletion of the gene encoding a chloroplast-specific Nfu-type protein, Nfu2 from Arabidopsis thaliana (AtNfu2). Here we report that recombinant AtNfu2 is able to assemble both [2Fe-2S] and [4Fe-4S] clusters. Analytical data and gel filtration studies support cluster/protein stoichiometries of one [2Fe-2S] cluster/homotetramer and one [4Fe-4S] cluster/homodimer. The combination of UV-visible absorption and circular dichroism, resonance Raman and Mössbauer spectroscopies has been employed to investigate the nature, properties and transfer of the clusters assembled on Nfu2. The results are consistent with subunit-bridging [2Fe-2S]2+ and [4Fe-4S]2+ clusters coordinated by the cysteines in the conserved CXXC motif. The results also provided insight into the specificity of Nfu2 for maturation of chloroplastic Fe-S proteins via intact, rapid and quantitative cluster transfer. [2Fe-2S] cluster-bound Nfu2 is shown to be an effective [2Fe-2S]2+ cluster donor for glutaredoxin S16, but not glutaredoxin S14. Moreover, [4Fe-4S] cluster-bound Nfu2 is shown to be a very rapid and efficient [4Fe-4S]2+ cluster donor for adenosine 5’-phosphosulfate reductase (APR1) and yeast two-hybrid studies indicate that APR1 forms a complex with Nfu2, but not with Nfu1 and Nfu3, the two other chloroplastic Nfu proteins. This cluster transfer is likely to be physiologically relevant and is particularly significant for plant metabolism as APR1 catalyzes the second step in reductive sulfur assimilation which ultimately results in the biosynthesis of cysteine, methionine, glutathione, and Fe-S clusters.

Article: Nucleic Acids Research

Functional assignment of KEOPS/EKC complex subunits in the biosynthesis of the universal t6A tRNA modification
L Perrochia, D Guetta, A Hecker, P Forterre, T Basta
Nucleic Acids Research

Abstract

N6-threonylcarbamoyladenosine (t6A) is a universal tRNA modification essential for normal cell growth and accurate translation. In Archaea and Eukarya, the universal protein Sua5 and the conserved KEOPS/EKC complex together catalyze t6A biosynthesis. The KEOPS/EKC complex is composed of Kae1, a universal metalloprotein belonging to the ASHKA superfamily of ATPases; Bud32, an atypical protein kinase and two small proteins, Cgi121 and Pcc1. In this study, we investigated the requirement and functional role of KEOPS/EKC subunits for biosynthesis of t6A. We demonstrated that Pcc1, Kae1 and Bud32 form a minimal functional unit, whereas Cgi121 acts as an allosteric regulator. We confirmed that Pcc1 promotes dimerization of the KEOPS/EKC complex and uncovered that together with Kae1, it forms the tRNA binding core of the complex. Kae1 binds L-threonyl-carbamoyl-AMP intermediate in a metal-dependent fashion and transfers the L-threonyl-carbamoyl moiety to substrate tRNA. Surprisingly, we found that Bud32 is regulated by Kae1 and does not function as a protein kinase but as a P-loop ATPase possibly involved in tRNA dissociation. Overall, our data support a mechanistic model in which the final step in the biosynthesis of t6A relies on a strictly catalytic component, Kae1, and three partner proteins necessary for dimerization, tRNA binding and regulation.

Project: Emerging infectious diseases on alder and ash in riparian ecosystems

The project entiteld “Emerging infectious diseases on alder and ash in riparian ecosystems”  and coordinated by C. Husson has been granted by the Agence de l’Eau Rhin-Meuse et INRA

Maladie émergente sur aulne et frêne en ripisylve

Financement : Agence de l’Eau Rhin-Meuse et INRA

Début du programme : juin 2013

Durée : 3 ans

Les maladies émergentes sont très préoccupantes aujourd’hui pour la société et les professionnels. Une des causes majeures de ces émergences est l’introduction de parasites exotiques favorisée par la multiplication des échanges commerciaux internationaux. Les arbres n’échappent pas à ce phénomène et les ripisylves sont directement concernées. En effet, deux nouvelles maladies létales et invasives sont apparues ces dernières décennies sur l’aulne glutineux et le frêne commun, espèces majeures pour l’écologie des berges de cours d’eau dans le bassin Rhin-Meuse. Elles sont causées par Phytophthora alni et Chalara fraxinea, respectivement. Face à ses maladies émergentes, trois questions importantes se posent : quelle sera leur impact sur les populations hôtes ? Les hôtes disposent-ils de suffisamment de résistance pour lutter contre les agents pathogènes impliqués ? Peut-on prédire l’avenir des aulnes et frênes en milieu naturel et ripicole ?

Ainsi, concernant la chalarose du frêne, nos objectifs sont dans un premier temps de mettre en place des dispositifs de suivis de frênes en Lorraine sur différents cours d’eau, de mesurer la fréquence puis l’incidence de maladie dans cet environnement (évolution) et d’estimer le rôle du cours d’eau dans l’épidémie.

Concernant le dépérissement des aulnes, notre recul est plus important car nous disposons d’un dispositif de 2000 arbres ou cépées le long de la Sarre que nous suivons depuis 2002 (croissance, état sanitaire). Nous savons que la température hivernale moyenne est un facteur de risque de maladie. Pour finaliser un modèle d’évolution de la démographie des aulnes sous la contrainte de P. alni et du climat, nous avons besoin de poursuivre le suivi sanitaire. Par ailleurs, nous souhaitons déterminer quelle pression de sélection le pathogène exerce sur la population hôte et quelle est la résistance disponible chez l’aulne en terme de fréquence et de niveau.

Ce projet permettra de mieux comprendre le fonctionnement de ces deux pathosystèmes, d’estimer l’impact des deux maladies sur la démographie des arbres en ripisylves et de proposer des indications de gestions.

 

Emerging infectious diseases on alder and ash in riparian ecosystems

This study is funded by the Agence de l’Eau Rhin-Meuse and INRA and started in June 2013 (3 years)

Emerging infectious diseases are economically and ecologically a major concern for managers. One of the major causes of these new diseases is the introduction of exotic pathogens due to the increase of international trade. Forest or riparian trees are infected by introduced pathogens, in particular by fungi. Indeed, two new lethal and invasive diseases have emerged during the last decades in Europe on common alder (Alnus glutinosa) and ash (Fraxinus excelsior), that are both important species for ecology of riverbanks in Lorraine. They are caused by Phytophthora alni and Chalara fraxinea, respectively. These threats have raised important questions: What about their impact on demography of host populations? What about host resistance for disease management? What about the future of alder and ash trees in natural and riparian ecosystems?

Concerning ash dieback, our objectives are to conduct an epidemiological survey along rivers throughout the Lorraine region, to estimate disease prevalence and incidence and to evaluate the role of rivers in the epidemic.

Concerning alder decline, we have conducted an epidemiological survey since 2002 on a plot along the Sarre river containing 2 000 trees. Growth and health status of all alder trees have been recorded each year. Our results showed that mean winter temperatures are linked to disease incidence and recovery of declining trees. To improve a SIR model that we developed to understand and forecast the effect of environmental characteristics and climate on the behavior of annual alder Phytophthora outbreaks, disease monitoring has to be prolonged during few years. In addition, our aim is to determine whether specific pathogen selection pressure is exerted on host population and to determine frequency and level of resistance in host populations by performing susceptibility tests.

This study allows us to better understand the epidemiology of both pathosystems, to estimate their impact on riparian trees demography and to recommend managements for controlling the spread of the diseases.

Seminar: Lu-Min Vaario

Jeudi 25 Juillet, nous avons la visite de Lu-Min Vaario du METLA (Helsinki). Lu-min collabore avec un ancien du labo Jussi Heinonsalo sur la biologie et l’écologie du matsutake (Tricholoma matsutake). Lu-Min présentera ses travaux sur le matsutake en début d’après-midi (salle de séminaire LEGF)

On Thursday 25th, Lu-Min Vaario from the METLA in Helsinki will be visiting the lab. She will present her project on Tricholoma matsutake after lunch in the LEGF seminar room.

PhD position

Analyse fonctionnelle des protéines participant à l’assemblage des centres fer-soufre dans le chloroplaste

 UMR IaM Interactions Arbres Microorganismes, Equipe réponse aux stress et régulation redox.

Le fer est essentiel pour la nutrition des plantes mais il peut également être toxique à travers la formation d’espèces oxygénées réactives pouvant conduire à un stress oxydant. Ce métal est prépondérant pour de nombreux processus physiologiques (photosynthèse, respiration, assimilation du soufre et de l’azote) étant présent dans de nombreuses métalloprotéines, comme celles contenant des centres fer-soufre (Fe-S) et des hèmes. L’assemblage des centres Fe-S requiert des machineries spécifiques, toutefois le rôle exact des différentes protéines impliquées est encore peu caractérisé, en particulier chez les plantes.

L’objectif est de développer une analyse fonctionnelle de protéines candidates participant à la machinerie d’assemblage chloroplastique, appelée SUF (pour sulfur mobilisation). Nous souhaitons ainsi produire les protéines recombinantes correspondantes dans la bactérie Escherichia coli et les purifier afin de déterminer le type de centres fer-soufre qu’elles sont capables d’incorporer. Dans un second temps, leur capacité à interagir deux à deux sera testée à l’aide d’approches biochimiques et d’expériences de transfert in vitro de centres fer-soufre. Les interactions seront également vérifiées in vivo par des approches de double hybride en levure et in planta par des approches de co-immunoprécipitation et de co-localisation par fluorescence. Le développement de senseur fluorescent permettant de suivre in vivo et de manière dynamique l’assemblage de centres fer-soufre dans une protéine donnée sera également envisagé.

Contact : Pr Nicolas Rouhier, Membre junior de l’Institut Universitaire de France.

Mail : Nicolas.Rouhier@univ-lorraine.fr ; Tel : 03 83 68 42 25

Production scientifique récente majeure en lien avec le sujet:

1. Mapolelo DT, Zhang B, Randeniya S, Albetel AN, Li H, Outten CE, Couturier J, Rouhier N, Johnson MK. Monothiol glutaredoxins and A-type proteins: Partners in Fe-S cluster trafficking. Dalt trans. 2013, 42:3107-15.

2. Couturier J, Stroher E, Albetel AN, Roret T, Muthuramalingam M, Tarrago L, Seidel T, Tsan P, Jacquot JP, Johnson MK, Dietz KJ, Didierjean C, Rouhier N. Arabidopsis chloroplastic glutaredoxin C5 as a model to explore the molecular determinants for iron-sulfur cluster binding into glutaredoxins. J Biol Chem. 2011, 286:27515-27.

3. Bandyopadhyay S, Gama F, Molina-Navarro MM, Gualberto JM, Claxton R, Naik SG, Huynh BH, Herrero E, Jacquot JP, Johnson MK, Rouhier N. Chloroplast monothiol glutaredoxins as scaffold proteins for the assembly and delivery of [2Fe-2S] clusters. EMBO J. 2008, 27:1122-33.

4. Rouhier N, Hideaki Unno H, BandyopadhyayS, Masip L,Kim SK, Hirasawa M, Gualberto JM, Lattard V, Kusunoki M, Knaff DB, Georgiou G, Hase T, Johnson MK, Jacquot JP. Functional, structural and spectroscopic characterization of a glutathione-ligated [2Fe-2S] cluster in poplar glutaredoxin C1. Proc Natl Acad Sci USA 2007, 104(18):7379-84.

 

Autres indices de production scientifique :

99 articles dans des revues à comité de lecture international

Facteur h : 31

Nombre total de citations : 3065

Nombre moyen de citations par article : 31

Posted in Job

An INRA-JGI Bastille Day tribute

In the spirit of Bastille Day, longtime collaborator Francis Martin, head of the Lab of Excellence for Advanced Research on the Biology of Tree and Forest Ecosystems atINRA, the French National Institute of Agricultural Research, enthuses (in French with English subtitles) about the Joint Genome Institute’s contributions to the field of fungal genomics.

http://today.lbl.gov/2013/07/12/bastille-day-special-vive-la-collaboration-scientifique/

Afin de célébrer le 14 juillet et la collaboration scientifique entre l’INRA et le Joint Genome Institute (JGI) du Département américain de l’énergie, Francis Martin, Directeur du Laboratoire d’Excellence ARBRE, présente le programme de génomique des champignons symbiotiques mycorhiziens et le rôle des mycorhizes dans le fonctionnement des arbres.

http://today.lbl.gov/2013/07/12/bastille-day-special-vive-la-collaboration-scientifique/

Project: SESAME

The project SESAME has been selected by the AAP Metaprogram SMaCH (Sustainable Management of Crop Health)

Durée 3 ans (2013-2015)

Porteurs : Jean-Pierre Rossi (CBGP Montpellier), Nicolas Parisey (IGEPP Rennes) & Pascal Frey (IAM, Nancy)

Résumé :

SESAME (landScapE dynamicS and pest ManagEment) est un projet pluridisciplinaire intégrant des approches d’épidémiologie du paysage, de génétique des populations, de modélisation et d’écologie afin de comprendre comment la dynamique des paysages affecte la distribution, la dispersion et l’adaptation de différents types de bioagresseurs. Le projet couvre trois échelles spatiales complémentaires. A l’échelle de la France, nous étudierons un agent pathogène – l’agent de la rouille du peuplier – afin (i) d’identifier les signatures génétiques de l’adaptation des populations pathogènes au paysage variétal populicole actuel et (ii) d’évaluer la capacité de l’agent pathogène à s’adapter aux résistances quantitatives qui seront déployées à l’avenir. A l’échelle régionale, nous analyserons les modalités de la dispersion de la chenille processionnaire du pin en intégrant les compartiments non forestiers du paysage. Nous nous attacherons en particulier à quantifier l’impact des arbres hors forêt (AHF) ornementaux qui agissent comme des éléments de connectivité entre les massifs forestiers et permettent  la dispersion de l’insecte. A une échelle plus locale, le projet  a pour objectif de proposer une méthode d’évaluation du déploiement spatial et de la durabilité de leviers écologiques de protection des cultures à l’échelle des agroécosystèmes. Cette méthode reposera sur le développement d’un modèle couplant dynamique et génétique de populations, et simulant des espèces aux traits d’histoire de vie et aux génomes contrastés, combiné à un modèle de paysage. Ce cadre méthodologique sera appliqué au cas de l’effet push-pull, dont le concept est issu de  l’écologie chimique, sur l’insecte ravageur des cultures légumières Delia radicum. Une part importante de l’activité sera consacrée à l’animation et la mise en synergie de l’expérience et du savoir faire des différents partenaires.

Article: Ecology and Evolution

Evidence of gene flow between sympatric populations of the Middle East‐Asia Minor 1 and Mediterranean putative species of Bemisia tabaci

A Tahiri, F Halkett, M Granier, G Gueguen, M Peterschmitt

Ecology and Evolution

Summary

Bemisia tabaci is a complex of putative species that exhibit a strong geographical pattern. Crossing experiments have revealed various degrees of reproductive isolation between these nascent species, ranging between fertile first-generation hybrids (F1) and no F1 at all. However, the relevance of these results under natural conditions is generally not known. The worldwide invasion of the putative species Middle East-Asia Minor 1 (MEAM1) has caused secondary contacts between allopatric species, which in turn provide an opportunity to detect potential hybrids in nature. A total of 346 female B. tabaci were collected in 2003 and 2005 in the North East of Morocco and assigned to MEAM1 (119), Mediterranean (Med) (225) and a new putative species (2) using mitochondrial cytochrome oxidase (mtCOI) gene sequences. MEAM1 and Med individuals were characterized at seven microsatellite loci. MEAM1 and Med were found to be sympatric in 11 of 12 samples (6 fields/year). As previously reported from Spain, MEAM1 frequency decreased over time. The genetic data are consistent with a recent introduction of MEAM1. A Bayesian clustering analysis (structure) distinguished two groups, which were 100% consistent with the mtCOI groups. From several lines of evidence, two individuals were identified as hybrids. Assignment profiles using newhybrids and allele composition indicated that they were not F1 hybrids. The results are discussed in relation to the secondary endosymbiont infection status determined on a sample of individuals, and the contrasting outcomes of the reported crossing experiments between MEAM1 and Med.

Article: Molecular Ecology

Community genetics in the time of next‐generation molecular technologies
F Gugerli, R Brandl, B Castagneyrol, A Franc, H Jactel, HP Koelewijn, F …
Molecular Ecology 22 (12), 3198-3207

Summary

Understanding the interactions of co-occurring species within and across trophic levels provides key information needed for understanding the ecological and evolutionary processes that underlie biological diversity. As genetics has only recently been integrated into the study of community-level interactions, the time is right for a critical evaluation of potential new, gene-based approaches to studying communities. Next-generation molecular techniques, used in parallel with field-based observations and manipulative experiments across spatio-temporal gradients, are key to expanding our understanding of community-level processes. Here, we introduce a variety of ‘-omics’ tools, with recent studies of plant–insect herbivores and of ectomycorrhizal systems providing detailed examples of how next-generation approaches can revolutionize our understanding of interspecific interactions. We suggest ways that novel technologies may convert community genetics from a field that relies on correlative inference to one that reveals causal mechanisms of genetic co-variation and adaptations within communities.