Author Archives: eric

Article: Molecular Plant-Microbe Interactions

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Microbe-independent entry of oomycete RxLR effectors and fungal RxLR-like effectors into plant and animal cells is specific and reproducible
BM Tyler, SD Kale, Q Wang, K Tao, HR Clark, K Drews, V Antignani, A Rumore …
Molecular Plant-Microbe Interactions 26 (6), 611-616

Summary

A wide diversity of pathogens and mutualists of plant and animal hosts, including oomycetes and fungi, produce effector proteins that enter the cytoplasm of host cells. A major question has been whether or not entry by these effectors can occur independently of the microbe or requires machinery provided by the microbe. Numerous publications have documented that oomycete RxLR effectors and fungal RxLR-like effectors can enter plant and animal cells independent of the microbe. A recent reexamination of whether the RxLR domain of oomycete RxLR effectors is sufficient for microbe-independent entry into host cells concluded that the RxLR domains of Phytophthora infestans Avr3a and of P. sojae Avr1b alone are NOT sufficient to enable microbe-independent entry of proteins into host and nonhost plant and animal cells. Here, we present new, more detailed data that unambiguously demonstrate that the RxLR domain of Avr1b does show efficient and specific entry into soybean root cells and also into wheat leaf cells, at levels well above background nonspecific entry. We also summarize host cell entry experiments with a wide diversity of oomycete and fungal effectors with RxLR or RxLR-like motifs that have been independently carried out by the seven different labs that coauthored this letter. Finally we discuss possible technical reasons why specific cell entry may have been not detected by Wawra et al. (2013).

Article: Frontiers in Plant Science

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The iron-sulfur cluster assembly machineries in plants: current knowledge and open questions

J Couturier, B Touraine, JF Briat, F Gaymard, N Rouhier Frontiers in Plant Science 4, 259

Many metabolic pathways and cellular processes occurring in most sub-cellular compartments depend on the functioning of iron-sulfur (Fe-S) proteins, whose cofactors are assembled through dedicated protein machineries. Recent advances have been made in the knowledge of the functions of individual components through a combination of genetic, biochemical and structural approaches, primarily in prokaryotes and non-plant eukaryotes. Whereas most of the components of these machineries are conserved between kingdoms, their complexity is likely increased in plants owing to the presence of additional assembly proteins and to the existence of expanded families for several assembly proteins. This review focuses on the new actors discovered in the past few years, such as glutaredoxin, BOLA and NEET proteins as well as MIP18, MMS19, TAH18, DRE2 for the cytosolic machinery, which are integrated into a model for the plant Fe-S cluster biogenesis systems. It also discusses a few issues  currently subjected to an intense debate such as the role of the mitochondrial frataxin and of glutaredoxins, the functional separation between scaffold, carrier and iron-delivery proteins and the crosstalk existing between different organelles.

Seminar: M. Doktycz

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Nous accueillerons ce vendredi 28 juin à l’INRA Mitch Doktycz, de l’Oak Ridge National Laboratory (USA). Mitch nous présentera les dernières avancées du programme de recherche “Plant-Microbe Interface” qui implique un certain nombre d’entre-nous.
Le séminaire aura lieu à 13h30 en salle de réunion du batiment LGEF sur le campus de l’INRA.
This friday seminar will be given by Mitch Doktycz, from the Oak Ridge National Laboratory (USA). Mitch will give us an update on the Plant-Microbe Interface research program to which some of us participate.
The seminar will start at 1.30pm in the seminar room of the LGEF building on the INRA campus this friday (28th).

ANR Blanc: FeS Traffic

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 The project FeS Traffic coordinated by N. Rouhier has been selected by the ANR Blanc Committee

Summary

Several metabolic pathways and cellular processes in plants depend on the functioning of iron-sulfur (Fe-S) proteins, whose cofactor is assembled through dedicated assembly machineries. To cite only a few examples, Fe-S proteins are needed for photosynthesis, respiration, sulfur and nitrogen assimilation, co-enzyme synthesis and by similarity with other eukaryotes, for DNA repair and replication or ribosome biogenesis. In plants as in other organisms, the incorporation of Fe-S clusters into proteins requires first the de novo assembly of Fe-S clusters onto scaffold proteins and then the transfer of these pre-formed clusters to acceptor proteins via the action of several chaperones and/or so-called carrier proteins. Using a combination of genetic, physiological, biochemical and structural approaches, the general objective of this research proposal is to understand precisely the molecular mechanisms controlling the second step, i.e., the delivery of Fe-S clusters from scaffold proteins to final acceptors, in the context of the chloroplastic and mitochondrial Fe-S cluster assembly machineries. Whereas the majority of the proteins required to assemble Fe-S clusters in the cells have likely been identified, the in vivo roles of many components, essentially those involved in Fe-S cluster trafficking, remain to be clarified. Owing to the fact that there are several dozens of Fe-S proteins but relatively few scaffold proteins in cells, carrier proteins are essential sentinels ensuring the correct and specific distribution of the different types of Fe-S clusters to acceptor client proteins. This project focuses on the Nfu and A-type carrier protein families which are assumed, from current working models, to be the major contributors for the trafficking of Fe-S clusters. Incidentally, in addition to providing improved knowledge on the global functioning of these biogenesis systems, the designed experimental program, which combines in vitro and in vivo approaches, should bring crucial information about the cellular network and regulatory mechanisms coordinating the concerted action of the different components.

Résumé

De nombreux processus cellulaires et voies métaboliques dépendent du fonctionnement de protéines fer-soufre (Fe-S), dont le cofacteur est assemblé par des machineries d’assemblage spécifiques. Pour ne citer que quelques exemples, les protéines Fe-S sont requises pour la photosynthèse, la respiration, l’assimilation de l’azote et du soufre ou la synthèse de co-enzymes mais également, par extension du travail réalisé chez d’autres eucaryotes, pour la réplication et la réparation de l’ADN et la synthèse des ribosomes. Chez les plantes, comme chez les autres organismes, l’incorporation de centres Fe-S dans les protéines nécessite l’assemblage de novo des centres Fe-S sur des protéines d’échafaudage puis le transfert de ces centres préformés aux protéines cibles. Ce transfert est effectué via l’action de protéines chaperonnes et/ou de protéines de transfert. En combinant des approches génétiques, physiologiques, biochimiques et de biologie structurale, l’objectif général de ce projet de recherche est de comprendre précisément les mécanismes moléculaires qui contrôlent cette seconde étape d’échange de centres Fe-S au niveau des machineries chloroplastique et mitochondriale. En effet, alors que la plupart des protéines impliquées dans la biogenèse des centres fer-soufre ont probablement été identifiées, leur rôle exact, notamment celui des protéines participant aux échanges de centres  Fe-S, reste à élucider. Etant donné qu’il existe plusieurs douzaines de protéines Fe-S mais un nombre limité de protéines d’échafaudage, les protéines de transfert pourraient être principalement nécessaires pour la répartition correcte et spécifique des différents types de centres Fe-S aux protéines clientes. Ce projet se focalise sur deux familles de protéines, les protéines Nfu et les protéines de transfert de type A (ATC pour A-type carrier en anglais), qui représentent vraisemblablement, d’après les modèles actuels, les acteurs principaux régulant les échanges de centres Fe-S dans les cellules. Ce programme de recherche, combinant des approches in vitro et in vivo, va permettre d’obtenir des informations précieuses et originales sur le fonctionnement de ces systèmes de biogenèse mais aussi sur les réseaux d’interaction et les mécanismes de régulation permettant de coordonner l’action des différentes protéines dans les cellules.

ANR Blanc: FunFit

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The project FunFit coordinated by P. Frey has been selected by the ANR Blanc Committee

Summary:

Fungi are among the most frequent damaging agents of plants, in natural and managed ecosystems. In recent years, they have been identified as a major cause of emerging diseases in the context of global change, especially through the introduction of previously unknown species in new areas. Understanding this fast-moving epidemiological environment is a key issue and will require greater emphasis on integrative and predictive approaches. Though plant pathology has been increasingly integrating population genetics and genomics, an integrative ecological framework based on adaptive traits is still missing for fungal plant pathogens.

In the FUNFIT project, we aim to fill this gap by establishing a theoretical framework, including conceptual schemes and models, and by developing experimental work on three representative fungal forest pathogens from a trait-based perspective. The premise of FUNFIT is that characterizing life history traits of fungal forest pathogens, including their variation, plasticity, trade-offs and evolution, will give us better insights into: (i) what makes a fungal pathogen successful, which is a very complementary approach to genomic studies of the determinants of pathogenicity; (ii) population and community dynamics of pathogens, hence ultimately plant disease dynamics and impacts in natural ecosystems.

FUNFIT encompasses concepts and methods from evolutionary biology, epidemiology and ecology, with strong interactions between modelling and biological studies. It is based on three main tasks, using a trait-based approach at different levels of biological organization: Task 1 – linking disease associated traits and fitness in fungal forest pathogens (individual level); Task 2 – studying the evolution of traits during colonisation/emergence processes (population level); and Task 3 – unravelling how a complex of cryptic species/lineages maintains although they share the same spatial niche. All tasks combine theoretical (including modelling) and empirical (experiments and data analysis) approaches in order to enrich a conceptual framework and to test hypotheses using several representative fungal pathogens of forest trees.

Finally, results are expected to (i) contribute to deeper academic knowledge of the ecology of fungi, which constitute a major part of terrestrial biodiversity, and (ii) help knowledge-based management of plant diseases, including pest risk analysis, selection of durable resistance, and biological control. The FUNFIT project will lead to a significant step forward in the understanding of plant epidemics. It will have major implications in our understanding of how fungi grow, survive and evolve in the ever-changing environmental conditions and how this knowledge can be exploited to reduce fungal infestation and destruction of crops.

Résumé:

Les champignons sont des agents pathogènes majeurs pour les plantes, dans les écosystèmes naturels et anthropisés. Ils ont été identifiés comme une cause majeure de maladies émergentes dans le contexte du changement global, notamment à travers l’introduction d’espèces jusque-là inconnues dans de nouvelles régions.

La compréhension de cet environnement épidémiologique en évolution rapide est un enjeu majeur qui nécessite le développement d’approches intégratives et prédictives. Ces dernières années, la phytopathologie a largement bénéficié des apports de la génétique des populations et de la génomique. Toutefois un cadre conceptuel basé sur la notion de traits adaptatifs dans une perspective écologique reste à développer pour les champignons phytopathogènes.
Le projet FUNFIT a pour ambition d’apporter une contribution dans ce domaine en construisant un cadre théorique focalisé sur les traits d’histoire de vie, incluant schémas conceptuels et modèles, et en s’appuyant sur un travail expérimental portant sur quelques espèces représentatives de champignons pathogènes forestiers. Le projet FUNFIT repose sur le postulat que la caractérisation de traits d’histoire de vie chez les champignons phytopathogènes, y compris leur variation, leur plasticité, leurs compromis évolutifs et leur évolution nous permettra de mieux cerner : (i) ce qui fait le succès évolutif d’un champignon pathogène, avec une approche très complémentaire des travaux actuels sur les déterminants moléculaires de la pathogénicité ; (ii) la dynamique des populations et des communautés de champignons pathogènes, et donc l’épidémiologie des maladies des plantes et l’impact des maladies dans les écosystèmes naturels.
Le projet FUNFIT intègre les concepts et les méthodes de la biologie évolutive, de l’épidémiologie et de l’écologie, avec des interactions fortes entre la modélisation et les études biologiques. Le projet est construit autour de trois grandes tâches définies par les types d’approches et le niveau d’organisation biologique considéré : Tâche 1 – Lier les traits associés à la maladie (latence, croissance mycélienne in planta, sporulation) avec la fitness chez les champignons phytopathogènes (au niveau individuel); Tâche 2 – Etudier l’évolution des traits au cours d’un processus de colonisation ou d’émergence (au niveau populationnel) ; Tâche 3 – Comprendre la coexistence spatiale d’espèces qui partagent la même niche (résolution de complexe d’espèces ou de lignées cryptiques, au niveau intra ou interspécifique). Chaque tâche mêle intimement modélisation et expérimentation afin de mieux tester les hypothèses biologiques et d’enrichir et valider le cadre conceptuel proposé.
L’ensemble des résultats acquis fournira : (i) une contribution significative à la connaissance de l’écologie des champignons, qui constituent la majeure partie de la biodiversité terrestre ; (ii) des éléments pour une gestion des maladies fondée sur la connaissance, incluant l’analyse des risques phytosanitaires, la sélection de résistances durables, et la lutte biologique. Le projet FUNFIT constituera une contribution importante dans la compréhension de l’épidémiologie végétale. Il contribuera à notre compréhension de la façon dont champignons se développent et évoluent dans les conditions changeantes de l’environnement et comment cette connaissance peut être exploitée pour réduire l’impact des maladies sur les écosystèmes cultivés ou naturels.

 

Article: PLoS One

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Carbon Transfer from the Host to Tuber melanosporum Mycorrhizas and Ascocarps Followed Using a 13C Pulse-Labeling Technique
F Le Tacon, B Zeller, C Plain, C Hossann, C Bréchet, C Robin
PloS one 8 (5), e64626

Abstract

Truffles ascocarps need carbon to grow, but it is not known whether this carbon comes directly from the tree (heterotrophy) or from soil organic matter (saprotrophy). The objective of this work was to investigate the heterotrophic side of the ascocarp nutrition by assessing the allocation of carbon by the host to Tuber melanosporum mycorrhizas and ascocarps. In 2010, a single hazel tree selected for its high truffle (Tuber melanosporum) production and situated in the west part of the Vosges, France, was labeled with 13CO2. The transfer of 13C from the leaves to the fine roots and T. melanosporum mycorrhizas was very slow compared with the results found in the literature for herbaceous plants or other tree species. The fine roots primarily acted as a carbon conduit; they accumulated little 13C and transferred it slowly to the mycorrhizas. The mycorrhizas first formed a carbon sink and accumulated 13C prior to ascocarp development. Then, the mycorrhizas transferred 13C to the ascocarps to provide constitutive carbon (1.7 mg of 13C per day). The ascocarps accumulated host carbon until reaching complete maturity, 200 days after the first labeling and 150 days after the second labeling event. This role of the Tuber ascocarps as a carbon sink occurred several months after the end of carbon assimilation by the host and at low temperature. This finding suggests that carbon allocated to the ascocarps during winter was provided by reserve compounds stored in the wood and hydrolyzed during a period of frost. Almost all of the constitutive carbon allocated to the truffles (1% of the total carbon assimilated by the tree during the growing season) came from the host.

Calendrier 2013/2014 UL

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Le calendrier universitaire 2013 / 2014 a été approuvé par le CA du 7 mai. Ce calendrier propose un cadre général d’organisation, dont voici les grandes lignes, hors modalités pédagogiques particulières (alternance, stage, soutenance, etc.) :

  • Rentrée : à partir du 2 septembre 2013

Semestre 1 :

  • Pause pédagogique d’octobre / novembre (selon les formations) :du samedi 26 octobre midi au lundi 4 novembre 2013 matin
  • Congés de fin d’année : du samedi 21 décembre midi au lundi 6 janvier 2014 matin
  • Fin des jurys de 1er semestre : au plus tard le samedi 15 février 2014

Semestre 2 :

  • Pause pédagogique de février/mars (selon les formations) : du samedi 1er mars midi au lundi 10 mars 2014 matin.
  • Congés de printemps : du samedi 26 avril midi au lundi 12 mai 2014 matin
  • Fin des cours / actes pédagogiques : 30 juin 2014
  • Fin des jurys de 2e session « normale » : avant le samedi 12 juillet 2014 midi
  • Fin des jurys de 2e session si modalités pédagogiques particulières (alternance, stage, soutenance, etc.) : 30 septembre 2014

(Ce calendrier ne s’applique pas aux modalités pédagogiques particulières : alternance, stage, soutenance, etc.).

Consulter l’ensemble de la procédure détaillée sur l’ENT

Entretiens Professionnels UL

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La campagne  2012/2013 des entretiens professionnels des personnels BIATSS vient d’être lancée. Elle concerne les agents titulaires (ITRF, AENES, personnels des bibliothèques) et les personnels contractuels en poste depuis plus d’1 an.
Le document « se préparer à l’entretien professionnel » est à votre disposition sur l’ENT de l’Université de Lorraine, rubrique DRH/SD GPEEC. Cet outil est destiné à vous aider à une meilleure préparation à cette rencontre avec votre supérieur hiérarchique.

Le calendrier des retours des documents complétés et signés a été fixé comme suit :
– personnel de l’AENES : 1er septembre 2013 (05 juillet 2013 pour les personnels bénéficiant d’une mutation hors Université de Lorraine au 01/09/2013)
– personnels des bibliothèques : 1er juillet 2013
– personnels ITRF : 1er septembre 2013
– personnels contractuels : 31 octobre 2013.

Thesis

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Analyse d’effecteurs du champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor : approches bio-informatiques et fonctionnelles

Description : La symbiose ectomycorhizienne associe les racines d’un arbre aux hyphes d’un champignon, conduisant à un échange réciproque de nutriments entre les deux partenaires. La colonisation fongique massive du cortex racinaire est caractérisée par la formation d’une interface symbiotique, le réseau de Harti …
Mots clés : Symbiose, Ectomycorhizes, Protéines végétales, Bioinformatique, Laccaria bicolor
Auteur : Pellegrin Clément
Année de soutenance : 2016

Le contournement de résistance par Melampsora Larici-populina l’agent de la rouille du peuplier : impact démographique et déterminisme génétique
Description : Melampsora larici-populina est un champignon pathogène responsable de la rouille foliaire sur les peupliers, causant de graves dommages dans les plantations du monde entier. Presque toutes les résistances des peupliers déployées en France ont été contournées et l’événement majeur est survenu en 1994 …
Mots clés : Champignons phytopathogènes, Rouilles (phytopathologie), Génétique des populations, Coévolution, Génomique comparative
Auteur : Persoons Antoine
Année de soutenance : 2015

Étude des gluthation transférases de la classe Phi du peuplier (Populus trichocarpa) : caractérisation structurale, enzymatique et recherche de molécules cibles
Description : Les glutathion transférases (GSTs) constituent une famille multigénique d’enzymes présentes dans les trois domaines du vivant. Cette présence ubiquitaire souligne l’origine sans doute très ancienne de ces enzymes ainsi que des fonctions fondamentales conservées au cours de l’évolution. Ces enzymes s …
Mots clés : Glutathion S-transférase, Peupliers
Auteur : Pégeot Henri
Année de soutenance : 2015

Évolution et adaptation des champignons saprophytes : les systèmes impliqués dans la dégradation du bois chez Trametes versicolor
Description : Le bois représente une des ressources en polymères les plus abondantes de l’écosystème terrestre. Les champignons dégradant la matière lignocellulosique jouent un rôle important dans le cycle du carbone. Ils présentent un fort intérêt au niveau biotechnologique en particulier pour la production d’en …
Mots clés : Champignons destructeurs du bois, Saprophytisme, Biologie moléculaire fongique, Glutathion S-transférase, Polyporacées
Auteur : Deroy Aurélie
Année de soutenance : 2015

Contribution à l’étude de l’évolution des génomes de champignons ectomycorhiziens du genre Tuber (Pézizomycètes) par génomique comparative

Description : Les truffes sont des champignons ectomycorhiziens du genre Tuber, au sein des Pézizomycètes, vivant en symbiose avec de nombreux arbres et arbustes. Parmi les Pézizomycètes se retrouvent des espèces saprotrophes, pathogènes et symbiotiques ainsi que des champignons très connus comme les truffes et l …
Mots clés : Ectomycorhizes, Truffe du Périgord, Génomique comparative, Bioinformatique, Pézizales, Tuber
Auteur :Payen Thibaut
Année de soutenance : 2015

 

Étude des traits d’histoire de vie de “Melampsora larici-populina”, agent de la rouille du peuplier : de leur déterminisme génétique à leurs conséquences évolutives
Description : L’adaptation d’un champignon pathogène à son milieu, ainsi que l’évolution et la structuration des populations qui en découlent, sont fortement influencés par ses traits d’histoire de vie qui conditionnent sa fitness. C’est ce que nous avons illustré chez Melampsora larici-populina, l’agent de la ro …
Mots clés : Melampsora, Évolution (biologie), Rouilles (phytopathologie), Peupliers, Plantes — Maladies cryptogamiques
Auteur :Pernaci Michaël
Date de soutenance : 25-06-2015
Directeur(s) de thèse : Frey, Pascal – Halkett, Fabien
Etablissement de soutenance : Université de Lorraine
Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136
Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
http://docnum.univ-lorraine.fr/public/DDOC_T_2015_0064_PERNACI.pdf

 

Caractérisation biochimique et fonctionnelle de glutathion transférases à cystéine catalytique de peuplier (Populus trichocarpa)
Mots clés : Glutathion S-transférase, Cystéine, Peupliers
Auteur : Lallement, Pierre-Alexandre
Date de soutenance : 12-12-2014
Directeur(s) de thèse : Rouhier, Nicolas – Hecker, Arnaud
Etablissement de soutenance : Université de Lorraine
Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136
Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement

http://docnum.univ-lorraine.fr/public/DDOC_T_2014_0275_LALLEMENT.pdf

 

 

Bacterial-fungal interactions in wood decay: from wood physicochemical properties to taxonomic and functional diversity of Phanerochaete chrysosporium-associated bacterial communities
Hervé Vincent. 
Mots clés : Bois, Relations champignon-bactérie, Champignons destructeurs du bois, Biocénoses, Bois — Détérioration

Auteur : Hervé, Vincent
Date de soutenance : 28-05-2014
Directeur(s) de thèse : Frey-Klett, Pascale – Gelhaye, Éric
Etablissement de soutenance : Université de Lorraine
Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136
Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement

  •    Thèse confidentielle jusqu’au 28/05/2016.

 

Contrôle de l’auxine dans les modifications du développement racinaire du peuplier en réponse au champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor

(Auxin control in poplar root development in response to the ectomycorrhizal fungus Laccaria bicolor)

Vayssières, Alice 
Date de soutenance : 2014-01-13
Directeur(s) de thèse:  Martin, Francis; Legué, Valérie
Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136
Ecole doctorale : BioSE – Ecole Doctorale Biologie, Santé, Environnement

 

URL d’accès : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/DDOC_T_2014_… 

Diversité fonctionelle des Glutation Transférases fongiques : caractérisation des classes Ure2p et GTT2 de Phanerochaete chrysosporium

(Functional diversification of fungal Glutathione Transferases: characterization of Ure2p and GTT2 classes from Phanerochaete chrysosporium)

Thuillier, Anne

Date de soutenance : 2013-10-31

Directeur(s) de thèse:  Gelhaye, Éric; Morel-Rouhier, Mélanie
Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136
Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement

URL d’accès : http://docnum.univ-lorraine.fr/prive/DDOC_T_2013_0… 

 

Analyse fonctionnelle d’effecteurs fongiques impliqués dans le développement de la symbiose ectomycorhizienne Laccaria bicolor-Populus trichocarpa

(Identifying targets of fungal effectors in the ectomycorrhizal symbiosis Laccaria bicolor-Populus trichocarpa)

Daguerre, Yohann

Date de soutenance : 2013-11-14

Directeur(s) de thèse:  Martin, Francis

Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136

Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement

URL d’accès : http://docnum.univ-lorraine.fr/prive/DDOC_T_2013_0… 

 

Richesse et diversité des assemblages de champignons et d’oomycètes de hêtraies, en relation avec des facteurs climatiques et édaphiques : de la parcelle au continent

(Diversity and composition of fungi and oomycete communities in beech forest in relation to climatic and edaphic variables: from the stand to the continent)

Coince, Aurore

Date de soutenance : 2013-10-03
Directeur(s) de thèse:  Marçais, Benoît; Buée, Marc

Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136

Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement

URL d’accès : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/DDOC_T_2013_… 

Filtration biologique pour la réduction des éléments traces métalliques dans la biomasse du peuplier

(Biological filtration to reduce trace elements in poplar trees biomass)
Lacercat-Didier, Laurence

Date de soutenance : 2013-06-05

Directeur(s) de thèse:  Chalot, Michel; Blaudez, Damien

Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136

Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement

URL d’accès : http://docnum.univ-lorraine.fr/prive/DDOC_T_2013_0… 

 

Thesis 2011-2012

Caractérisation structurale et enzymatique, cibles potentielles et rôles physiologiques de glutathion transférases à cystéine catalytique de Phanerochaete chrysosporium(Structural and enzymatic characterization, physiological roles of Phanerochaete chrysosporium cysteine containing glutathione transferases)
Meux, Edgar

Date de soutenance : 2012-12-07

Directeur(s) de thèse:  Gelhaye, Éric; Morel, Mélanie

Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136

Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement

URL d’accès : http://docnum.univ-lorraine.fr/prive/DDOC_T_2012_0… 

 

 

Altération bactérienne des minéraux dans les écosystèmes forestiers pauvres en nutriments: Analyse des communautés bactériennes et identification des mécanismes impliqués

(Mineral weathering bacterial communities in nutrient-poor forest soil : anlaysis of the bacterial communities and genes involved)
Lepleux, Cendrella

Date de soutenance : 2012-12-03

Directeur(s) de thèse:  Frey-Klett, Pascale; Uroz, Stéphane

Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136

Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement

URL d’accès : http://docnum.univ-lorraine.fr/prive/DDOC_T_2012_0… 

 

Diversité écologique et fonctionnelle des champignons décomposeurs du bois : l’influence du substrat de la communauté à l’enzyme

(Ecological and functional diversity of wood decomposing fungi : substrate influence from community to enzyme)

Mathieu, Yann 

Date de soutenance : 2012-12-11

Directeur(s) de thèse:  Gelhaye, Éric

Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136

Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement

URL d’accès : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/DDOC_T_2012_… 

 

Transporteurs fongiques de manganèse : diversité et analyse fonctionnelle chez le champignon saprophyte Phanerochaete chrysosporium

(Fungal manganese transporters: diversity and functional analysis in the saprophytic fungus Phanerochaete chrysosporium)

 

Diss, Loïc

Date de soutenance : 2012-10-12

Directeur(s) de thèse:  Chalot, Michel

Laboratoire : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136

Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement

URL d’accès : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/DDOC_T_2012_… 

 

Contribution à l’analyse post-génomique de l’interaction entre le peuplier et Melampsora larici-populina, le champignon biotrophe responsable de la maladie de la rouille foliaire (Post-genomic analysis of the poplar-poplar rust fungus Melampsora larici-populina interaction)
Pêtre, BenjaminDate de soutenance : 2012-11-12Research director(s):  Rouhier, Nicolas; Duplessis, Sébastien
Laboratory : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136
Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
URL : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/DDOC_T_2012_… 
Étude des conditions de l’émergence du phytophthora alni sur l’aulne glutineux (Study of the emerging conditions of the alder decline pathogen Phytophthora alni)

Aguayo Silva, Jaime Christián

Date de soutenance : 2012-11-09

Research director(s):  Marçais, Benoit; Frey, Pascal
Laboratory : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136
Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
URL : http://docnum.univ-lorraine.fr/prive/DDOC_T_2012_0… 

Etude des mécanismes moléculaires impliqués dans la formation des racines adventives du peuplier : rôle du facteur de transcription PtAIL1

(Analysis of molecular mechanisms involved in adventitious root formation in poplar: The role of the PtAIL1 transcription factor)
Rigal, Adeline Date de soutenance : 2012-01-31Research director(s):  Kohler, Annegret; Legué, ValérieLaboratory : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
URL : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/DDOC_T_2012_… 
Analyse bioinformatique du transcriptome des champignons mycorhiziens Tuber melanosporum et Glomus intraradices(Bioinformatic analysis of the transcriptome of mycorrhizal fungi Tuber melanosporum and Glomus intraradices)
Tisserant, Emilie – (2011-12-15)Research director(s):  Martin, FrancisLaboratory : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
URL : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2011_0… 
Les glutathion peroxydases et protéine disulfure isomérases de peuplier : potentialités du repliement thiorédoxine pour la catalyse des réactions redox(Biochemical properties of thioredoxin superfamily proteins catalysing versatile redox reactions)
Selles, Benjamin – (2011-06-29)Research director(s):  Jacquot, Jean-Pierre; Rouhier, NicolasLaboratory : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
URL : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2011_0… 
Influence des processus démographiques sur la structure et les caractéristiques génétiques des champignons phytopathogènes, cas de l’agent de la rouille du peuplier Melampsora larici-populina (Impact of demographic processes on population structure and genetic characteristics of fungal plant pathogens: a case study with the poplar rust fungus Melampsora larici-populina)
Xhaard, Constance – (2011-06-23)Research director(s):  Marçais, BenoîtLaboratory : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
URL : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2011_0… 
Caractérisation biochimique et fonctionnelle de glutathion-S-transferases (GSTs) chez Phanerochaete chrysosporium (Biochemical and functional characterization of glutathione Stransferases (GSTs) in Phanerochaete chrysosporium)
Anak Ngadin, Andrew – (2011-05-25)Research director(s):  Gelhaye, Eric; Morel, MélanieLaboratory : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
URL : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2011_0… 
Identification par approches moléculaires de gènes impliqués dans la tolérance du stress oxydatif chez le champignon mycorhizien Oidiodendron maius (Molecular approaches to study oxidative stress tolerance mechanisms in the ericoid mycorrhizal fungus Oidiodendron maius)
Khouja, Hassine Radhouane – (2011-02-18)Research director(s):  Chalot, Michel; Perotto, SilviaLaboratory : IAM – Interactions Arbres Micro-organismes – UMR 1136Ecole doctorale : RP2E – Ecole Doctorale Sciences et Ingénierie des Ressources, Procédés, Produits, Environnement
URL : http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2011_0… 

Article: Journal of Biological Chemistry

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Mechanisms of nitrosylation and denitrosylation of cytoplasmic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Arabidopsis thaliana
M Zaffagnini, S Morisse, M Bedhomme, CH Marchand, M Festa, N Rouhier, SD …
Journal of Biological Chemistry

Abstract

Nitrosylation is a reversible post-translational modification of protein cysteines playing a major role in cellular regulation and signaling in many organisms including plants where it has been implicated in the regulation of immunity and cell death. The extent of nitrosylation of a given cysteine residue is governed by the equilibrium between nitrosylation and denitrosylation reactions. The mechanisms of these reactions remain poorly studied in plants. In the present work, we have employed glycolytic GAPDH from Arabidopsis thaliana as a tool to investigate the molecular mechanisms of nitrosylation and denitrosylation using a combination of approaches including activity assays, the biotin switch technique, site-directed mutagenesis and mass spectrometry. Arabidopsis GAPDH activity was reversibly inhibited by nitrosylation of catalytic Cys-149 mediated either chemically with a strong NO donor or by transnitrosylation with GSNO. GSNO was found to trigger both GAPDH nitrosylation and glutathionylation although nitrosylation was widely prominent. Arabidopsis GAPDH was found to be denitrosylated by GSH but not by plant cytoplasmic thioredoxins. GSH fully converted nitrosylated GAPDH to the reduced, active enzyme, without forming any glutathionylated GAPDH. Thus, we found that nitrosylation of GAPDH is not a step towards formation of the more stable glutathionylated enzyme. GSH-dependent denitrosylation of GapC1 was found to be linked to the [GSH]/[GSNO] ratio and to be independent of the [GSH]/[GSSG] ratio. The possible importance of these biochemical properties for the regulation of Arabidopsis GAPDH functions in vivo is discussed.