L’appel à projets franco-argentin (ECOS Sud – MINCyT) est ouvert du 16 décembre 2015 au 16 avril 2016. Vous pouvez télécharger le formulaire de candidature en cliquant sur ce lien. Une fois le formulaire complété, nous vous demandons de bien vouloir nous l’envoyer par voie électronique au secrétariat du comité ECOS Sud à l’adresse suivante: ecos.sud@univ-paris13.fr
Author Archives: eric
DAAD Grant
le DAAD Paris soutient près de 200 étudiants, doctorants, post-doctorants et chercheurs confirmés français par an, dans le cadre d’un séjour d’études ou de recherches en Allemagne. Aussi, nous souhaiterions attirer votre attention sur les programmes de bourses du DAAD susceptibles d’intéresser vos étudiants et chercheurs. La sélection des candidats s’effectue sur dossier et se base sur la motivation, les résultats académiques, la cohérence du projet d’études / de recherche ainsi que les recommandations.
La prochaine date limite de candidature pour les deux programmes suivants est le 31 janvier 2016 :
- La bourse d’études de longue durée s’adresse aux étudiants titulaires d’un diplôme de premier cycle, toutes disciplines confondues, présents sur le territoire français. Elle leur offre la possibilité de commencer ou de poursuivre leurs études durant une ou deux année(s) au sein d’un établissement d’enseignement supérieur allemand public ou reconnu par l’état.
- La bourse de recherche de longue durée s’adresse aux doctorants et jeunes chercheurs souhaitant poursuivre des recherches indispensables à leurs projets ou soutenir une thèse en France, en Allemagne ou même en cotutelle. Elle permet d’effectuer un séjour de 7 à 10 mois, soit une année universitaire, dans un établissement d’enseignement supérieur ou institut de recherche reconnu par l’état allemand.
La prochaine date limite de candidature pour les trois programmes suivants est le 15 février 2016 :
- La bourse de recherche de courte durée s’adresse aux doctorants et jeunes chercheurs souhaitant poursuivre des recherches indispensables à leurs projets ou soutenir une thèse en France, en Allemagne ou même en cotutelle. Elle permet d’effectuer un séjour de 1 à 6 mois dans un établissement d’enseignement supérieur ou institut de recherche reconnu par l’état allemand. Ce programme dispose de deux appels à candidatures fixés au 15 février et au 15 septembre de chaque année.
- La bourse de Réinvitation d’anciens boursiers du DAAD s’adresse aux anciens boursiers du DAAD ayant bénéficié d’une bourse de 6 mois minimum en Allemagne. Ces anciens boursiers pourront être réinvités en Allemagne afin de réaliser un projet de recherche ou de travail de 1 à 3 mois au sein d’un établissement d’enseignement supérieur ou d’un institut de recherche extra-universitaire allemand, public ou reconnu par l’état allemand. Ce programme dispose également de deux appels à candidatures fixés au 15 février et au 15 septembre de chaque année.
- La bourse de Missions de recherche s’adresse aux enseignants-chercheurs confirmés en poste dans les établissements d’enseignement supérieur ou les instituts de recherche en France, qui souhaitent réaliser un projet de recherche de 1 à 3 mois au sein d’un établissement d’enseignement supérieur ou institut de recherche allemand, public ou reconnu par l’état allemand. Ce programme dispose également de deux appels à candidatures fixés au 15 février et au 15 septembre de chaque année.
Toutes les informations concernant les critères de sélection, ainsi que la procédure de candidature sont accessibles sur notre site : http://paris.daad.de sous la rubrique « Les programmes de bourses du DAAD». Nous restons bien sûr à votre disposition pour des éventuelles questions ou des informations supplémentaires.
Article: Biochemical Journal
Insights into ascorbate regeneration in plants: investigating the redox and structural properties of dehydroascorbate reductases from Populus trichocarpa. PA Lallement, T Roret, P Tsan, JM Gualberto, JM Girardet, … Biochemical Journal, BJ20151147
Abstract
Dehydroascorbate reductases (DHARs), enzymes belonging to the glutathione transferase (GST) superfamily, catalyze the glutathione (GSH)-dependent reduction of dehydroascorbate into ascorbate in plants. By maintaining a reduced ascorbate pool, they notably participate to H2O2 detoxification catalyzed by ascorbate peroxidases. Despite this central role, the catalytic mechanism used by DHARs is still not well understood and there is no supportive 3D structure. In this context, we have performed a thorough biochemical and structural analysis of the three poplar DHARs and coupled this to the analysis of their transcript expression patterns and subcellular localizations.The transcripts for these genes are mainly detected in reproductive and green organs and the corresponding proteins are expressed in plastids, in the cytosol and in the nucleus, but not in mitochondria and peroxisomes where ascorbate regeneration is obviously necessary.Comparing the kinetic properties and the sensitivity to GSSG-mediated oxidation of DHAR2 and DHAR3A, exhibiting 1 or 3 cysteinyl residues respectively, we observed that the presence of additional cysteines in DHAR3A modifies the regeneration mechanism of the catalytic cysteine by forming different redox states.Finally, from the 3D structure of DHAR3A solved by NMR, we were able to map the residues important for the binding of both substrates (GSH and DHA), showing that DHAR active site is very selective for DHA recognition and providing further insights into the catalytic mechanism and the roles of the additional cysteines found in some DHARs.
Article: Molecular Biology and Evolution
Comparative genomics of early-diverging mushroom-forming fungi provides insights into the origins of lignocellulose decay capabilities. LG Nagy, R Riley, A Tritt, C Adam, C Daum, D Floudas, H Sun, JS Yadav, … Molecular Biology and Evolution, msv337
Abstract
Evolution of lignocellulose decomposition was one of the most ecologically important innovations in fungi. White rot fungi in the Agaricomycetes (mushrooms and relatives) are the most effective microorganisms in degrading both cellulose and lignin components of woody plant cell walls (PCW). However, the precise evolutionary origins of lignocellulose decomposition are poorly understood, largely because certain early-diverging clades of Agaricomycetes and its sister group, the Dacrymycetes, have yet to be sampled, or have been undersampled, in comparative genomic studies. Here, we present new genome sequences of 10 saprotrophic fungi, including members of the Dacrymycetes and early-diverging clades of Agaricomycetes (Cantharellales, Sebacinales, Auriculariales, and Trechisporales), which we use to refine the origins and evolutionary history of the enzymatic toolkit of lignocellulose decomposition. We reconstructed the origin of ligninolytic enzymes, focusing on class II peroxidases (AA2), as well as enzymes that attack crystalline cellulose. Despite previous reports of white rot appearing as early as the Dacrymycetes, our results suggest that white rot fungi evolved later in the Agaricomycetes, with the first class II peroxidases reconstructed in the ancestor of the Auriculariales and residual Agaricomycetes. The exemplars of the most ancient clades of Agaricomycetes that we sampled all lack class II peroxidases, and are thus concluded to use a combination of plesiomorphic and derived PCW degrading enzymes that predate the evolution of white rot.
PhD Defense: H. Pegeot
The defense will be held the 11th December at 14h00 in Amphitheater 7, Faculté des Sciences, Boulevard des Aiguillettes, Vandoeuvre.
Etude des glutathion transférases de la classe Phi du peuplier (Populus trichocarpa) : caractérisation structurale, enzymatique et recherche de molécules cibles.
Résumé : Les glutathion transférases (GSTs) constituent une famille multigénique d’enzymes présentes dans les trois domaines du vivant. Cette présence ubiquitaire souligne l’origine sans doute très ancienne de ces enzymes ainsi que des fonctions fondamentales conservées au cours de l’évolution. Ces enzymes sont impliquées notamment dans la détoxication cellulaire de molécules toxiques et dans le métabolisme secondaire. Les analyses phylogénétiques regroupent les GSTs des organismes photosynthétiques au sein de quatorze classes qui peuvent être séparées en deux grands groupes selon le résidu catalytique : les GSTs à sérine catalytique qui possèdent des activités de conjugaison du glutathion (GSH) et/ou peroxydase tandis que les GSTs à cystéine catalytique présentent des activités thioltransférase, déshydroascorbate réductase et de déglutathionylation. Les GSTs à sérine catalytique de la classe Phi (GSTF) sont présentes chez les organismes photosynthétiques et certains basidiomycètes. Chez les plantes, cette classe comprend un nombre de gènes plus important que les autres classes de GSTs. Ceux-ci sont parmi les plus régulés en réponse à divers stress et ils ont été fortement étudiés chez les plantes céréalières en raison de l’activité de détoxication des herbicides des protéines correspondantes. Pourtant, à quelques exceptions près, les rôles physiologiques des GSTFs restent inconnus et la redondance d’isoformes dans cette classe reste incomprise. Par des approches moléculaires, biochimiques et structurales, l’analyse structure-fonction des huit GSTFs de l’arbre modèle Populus trichocarpa a été réalisée au cours de cette thèse. L’analyse phylogénétique des GSTFs chez les organismes photosynthétiques a montré que cette classe est apparue au moment de l’apparition terrestre des végétaux et que différents groupes pouvaient être identifiés avec des motifs catalytiques distincts. L’analyse transcriptionnelle a montré que les gènes relatifs aux GSTFs de peuplier sont principalement exprimés dans les fleurs femelles, les pétioles et les fruits. Certains aspects du mécanisme réactionnel ont été caractérisés en déterminant notamment les paramètres cinétiques et d’interaction des huit GSTFs et de plusieurs variants mutés pour des résidus clés vis-à-vis de substrats modèles. Les structures de cinq des huit GSTFs ont été résolues et ces protéines dimériques adoptent un repliement GST canonique et des spécificités structurales au niveau du site actif ont pu être observées. De plus, au regard de la capacité des orthologues des GSTFs à lier des hormones et des flavonoïdes ainsi que de l’expression récurrente des GSTFs de peuplier dans les fruits et les fleurs femelles, deux organes riches en ces molécules, il peut être supposé qu’elles ont aussi des propriétés de type ligandine. Des résultats préliminaires ont également été obtenus pour la recherche de substrats physiologiques à partir de métabolites extraits de différents organes de peuplier. A terme, l’identification de ces substrats permettra de déterminer le mode d’action (catalytique vs ligandine) de chaque enzyme et d’identifier clairement les fonctions in planta de ces enzymes.
Mots clés : glutathion transférase ; Populus trichocarpa ; Phi ; structures cristallographiques ; mécanismes enzymatiques ; recherche de substrats
Abstract: Glutathione transferases (GSTs) belong to a multigenic family whose presence in most eukaryotes, prokaryotes and archaea reflects their widespread nature and very likely important functions. These enzymes represent a major group of enzymes involved in xenobiotic detoxification and secondary metabolism. From the most recent genomic and phylogenetic analyses, the GST family is subdivided into 14 classes that can be separated into two main groups based on the catalytic residue which is either a serine (Ser-GST) or a cysteine (Cys-GST). Ser-GSTs usually catalyze glutathione (GSH) conjugation and/or peroxide reduction. On the other hand, Cys-GSTs cannot perform GSH-conjugation reactions but instead catalyze thiol-transferase, dehydroascorbate reductase and deglutathionylation reactions. Ser-GSTs from the Phi class (GSTF) are present in photosynthetic organisms and some basidiomycetes. This class is composed of a large number of genes compared to other GST classes which are amongst the most stress-inducible. The corresponding proteins have been extensively studied in crops with regard to their detoxification activities toward herbicides. However, with a few exceptions, very little is known about their roles in planta and it is not well understood why this class has expanded. By combining molecular, cellular, biochemical and structural approaches, the eight isoforms from the model tree Populus trichocarpa have been characterized during this PhD project. Phylogenetic analysis of GSTFs in the green lineage shows that the apparition of this class is concomitant with the appearance of terrestrial plants and that different groups can be distinguished based on the active site signature. RT-PCR analysis of the eight isoforms of GSTFs showed that transcripts mostly accumulate in female flowers, petioles and fruits. Some aspects of the reaction mechanism have been characterized by determining kinetic parameters of the eight poplar GSTFs and of several mutated variants for key residues towards model substrates. The structures of five GSTFs have been solved and these dimeric proteins display a typical GST fold but specificities have been observed at the catalytic site level. Moreover, considering the demonstrated capacity of GSTF orthologs to bind hormones, anthocyanins or flavonoids, and the consistent high expression of poplar GSTFs in female flowers and fruits, two organs rich in these molecules, we speculate that they may also possess ligandin properties. Preliminary results have been obtained regarding the nature of the substrates in various poplar organs by analyzing protein thermostability in the presence of putative ligands. In order to assess whether a functional redundancy between poplar Phi GSTs exists and to identify their mode of action (catalytic vs ligandin functions), we started to isolate and identify physiological substrates.
Key words: Glutathione transferase; Populus trichocarpa; Phi; crystal structures; enzymatic mechanisms; research of substrates.
AAP: Vinci 2016
L’Appel à projets Vinci 2016 est composé de 4 chapitres :
– Le Chapitre 1 est dédié au soutien de cursus universitaires de niveau Master délivrant un double diplôme ou diplôme conjoint.
Financements de 30.000 € maximum adressés aux enseignants responsables de Masters franco-italiens.
– Le Chapitre 2 soutient la mobilité dans le cadre de thèses en cotutelle.
Financements de 4.000 € minimum adressés aux doctorants inscrits durant l’année 2015-2016 en première ou deuxième année de thèse en cotutelle franco-italienne.
– Le Chapitre 3 prévoit l’attribution de 3 Contrats doctoraux pour thèses en cotutelle, adressés aux Ecoles doctorales portant un projet de thèse en cotutelle franco-italienne, pour des étudiants qui seront inscrits en première année de Doctorat à la rentrée 2016.
– Le Chapitre 4 propose des financements de soutien à l’insertion postdoctorale.
Financements de 25.000 € adressés à des chercheurs en possession d’un Doctorat en cotutelle franco-italienne, ayant soutenu leur thèse entre le 1er décembre 2013 et le 30 juin 2016.
L’objectif du Programme Vinci est de promouvoir la mobilité d’étudiants, doctorants et enseignants, l’échange de méthodologies, d’expériences didactiques, l’approfondissement des connaissances linguistiques, ainsi que la constitution d’un réseau d’excellence scientifique et de la formation entre les deux pays.
Les candidatures peuvent être enregistrées en ligne jusqu’au 4 février 2016 (12h00) sur le site de l’UFI : www.universite-franco-italienne.org.
Pour plus d’information, vous pouvez consulter la section du site dédiée à l’Appel à projets Vinci 2016 : http://www.universita-italo-francese.org/appel+a+projets-fr-20-appel+a+projets+vinci+2016.html
Contact :
Université Franco Italienne – Gaëlle CALDARA
Université Pierre Mendès France – Grenoble II
Service des relations internationales
151 rue des Universités – BP 47
38040 Grenoble Cedex 09
Tél : 04 76 82 84 87
E-mail : contact@ufi-uif.org
HONGRIE : programme Balaton 2016
L’objectif de ce programme est de développer les échanges scientifiques et technologiques d’excellence entre les laboratoires de recherche des deux pays, en favorisant les nouvelles coopérations.Tous les domaines scientifiques, y compris les sciences humaines et sociales, sont concernés par ce programme. Les projets en sciences humaines et sociales doivent être déposés, pour les partenaires hongrois, auprès du Ministère des ressources humaines, dont les coordonnées figurent ci-dessous. Une attention particulière sera accordée aux projets adhérant aux thématiques du programme Horizon 2020.
Date limite de co-dépôt des dossiers de candidature : 21 décembre 2015 (toutes disciplines confondues).
Plus d’infos sur : http://www.campusfrance.org/fr/balaton
Programme Découverte Chine
L’objectif du programme Découverte Chine est de permettre à des chercheurs français (juniors et seniors) de faire un état des lieux de la recherche menée en Chine dans leurs domaines d’expertise.
Tous les domaines scientifiques, sciences exactes et sciences humaines et sociales, sont concernés.
Date limite de dépôt des dossiers de candidature : 11 janvier 2016
Plus d’infos sur le site web :
Montage de réseaux scientifiques européens ou internationaux
Dans le cadre de son Plan d’action 2015, l’ANR a ouvert un instrument spécialement dédié au “montage de réseaux scientifiques européens ou internationaux” (MRSEI). Il vise à faciliter l’accès des chercheurs français aux programmes de financement européens (Horizon 2020 notamment) et/ou internationaux.
Vous trouverez toutes les indications à l’adresse suivante : http://www.agence-nationale-recherche.fr/financer-votre-projet/appels-ouverts/appel-detail0/montage-de-reseaux-scientifiques-europeens-ou-internationaux-mrsei-2015/
Les propositions de cet appel auront pour objet de constituer un réseau scientifique, couvrant des sujets de toutes les disciplines. Ces demandes doivent répondre à des projets européens ou internationaux de grande ampleur, ayant un impact majeur au niveau scientifique, technologique ou sociétal.
Les projets sélectionnés recevront une aide s’élevant à 30 k€ pour une durée de 18 mois.
Le calendrier de soumission est le suivant :
- Ouverture du site de soumission : jeudi 10 décembre 2015
- Clôture pour le dépôt des dossiers : mardi 12 janvier 2016, 13 heures (heure de Paris)
Une version scannée du document de soumission signé de tous les partenaires devra être déposée sur le site de soumission. Ce document administratif et financier, généré à partir du site de soumission, devra être signé par le responsable scientifique, par le directeur du laboratoire ou de l’unité d’accueil et par le représentant légal. Après transmission de votre part, nous nous chargerons de déposer ce document à la signature du Président de l’Université.
La Cellule ANR de la sous-direction à l’Appui à la Gestion des Moyens de la Recherche (AGMR) est à votre disposition pour vous aider dans le montage administratif et financier de vos projets, ainsi que dans le suivi financier une fois vos projets acceptés.
AAP: INTERREG V
Premier appel à projets relatif au programme INTERREG V A Grande Région.
Cofinancé par le Fonds Européen de Développement Régional (FEDER) , le Programme soutiendra aussi bien des projets de proximité que des actions d’envergure à l’échelle du territoire de la Grande Région, dans le cadre de 4 axes prioritaires :
- Axe 1 : Poursuivre le développement d’un marché du travail intégré en soutenant l’éducation, la formation et en facilitant la mobilité physique
- Axe 2 : Assurer un développement respectueux de l’environnement et du cadre de vie
- Axe 3 : Améliorer les conditions de vie
- Axe 4 : Renforcer la compétitivité et l’attractivité de la Grande Région
Ce premier appel à projets du programme couvre l’ensemble de ces axes.
La stratégie du programme est construite autour d’un triptyque « emploi / développement territorial / économie» qui place le soutien à l’emploi sur le marché du travail grand-régional au cœur des priorités.
Le dépôt formel des candidatures (sous forme de fiches synthétiques à envoyer à l’adresse info@interreg-gr.lu) se fera, sous forme électronique, du 4 janvier 2016 à 00h00 au 5 février 2016 à 23h59 (Procédure Go/No Go)
Vous pouvez télécharger les documents relatifs à ce premier appel à projets, à partir des liens ci-dessous ou via le site de la Région :
- L’appel à projets
- Le calendrier de l’appel à projets,
- Le modèle de fiche synthétique à utiliser : le formulaire PDF est configuré pour l’inscription d’un maximum de cinq partenaires de projets et de six actions du projet. Si votre projet compte davantage de partenaires et/ou d’actions, merci de bien vouloir renseigner les partenaires supplémentaires ainsi que les données relatives à leur budget et / ou les actions supplémentaires dans le second formulaire PDF prévu à cet effet.
- La version du programme de coopération (actuellement en cours d’approbation par la Commission européenne et qui peut donc encore faire l’objet de modifications mineures) à prendre en compte,
- Les grands principes relatifs aux dépenses éligibles.
Si vous souhaitez déposer un projet dans le cadre du programme Interreg VA Grande Région (ou un autre programme européen), je vous rappelle que la Cellule Europe de l’Université de Lorraine est à votre disposition pour vous accompagner dans vos démarches: cellule-europe-contact@univ-lorraine.fr
