Symposium tripartite de biologie intégrative des plantes

INRA — UPSC — CRAG

6-8 octobre 2015

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Du 6 – 8 octobre se tiendra sur le site INRA de Champenoux, le premier symposium de biologie intégrative des plante réunissant des scientifiques de trois instituts : l’UPSC (Umea Plant Science Center, Umea, Suède), l’INRA et le CRAG (Center for Research in Agricultural Genomics, Barcelone, Espagne). Le symposium se place dans la continuité du laboratoire sans mur “UPRA” entre UPSC et INRA.

En 2005, les connexions entre les projets de recherche de l’UPSC et de l’INRA dans les domaines de la biologie et de la génomique végétale ont conduit à la création de ce laboratoire européen virtuel. Quels sont les objectifs de ce partenariat franco-suédois ? D’une part, réunir les chercheurs pour des projets de recherche communs de biologie végétale. Cela implique notamment un transfert de connaissances et d’outils sur des espèces modèles, telles qu’Arabiodopsis thaliana ou encore le Peuplier. Un autre objectif est de favoriser la formation des jeunes scientifiques au travers d’échanges réguliers entre les laboratoires de France e de Suède et de leur permettre ainsi de développer leurs réseaux.

La convention cadre de 2005 arrivant à son terme, une nouvelle convention sera signée lors du symposium. Cet accord de coopération accueillera un nouveau partenaire, le CRAG. L’extension de l’UPRA à l’Espagne est une excellente occasion de promouvoir des échanges à travers l’Europe et ainsi de construire et de coordonner de futurs projets européens comme le sollicite la direction générale de l’INRA.

Les inscriptions au symposium sont ouvertes jusqu’au 15 septembre 2015.

• Lien vers le site web (la préinscription au meeting sur le site est obligatoire)

Venez à la rencontre des auteurs INRA & ARBRE !

Place de la Carrière à Nancy
11 au 13 septembre

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L’espace littéraire Les Sciences sur la Place, intégré au salon Le Livre sur la Place, est le rendez-vous incontournable de la rentrée qui propose les livres et les nouveautés à ne pas manquer en sciences destinées au grand public. Les établissements scientifiques publics se réunissent de plus en plus en unités mixtes, pôles et réseaux. C’est pourquoi, les acteurs lorrains de la recherche, de l’enseignement supérieur et de la culture scientifique se sont regroupés sous une bannière fédératrice pour Le Livre sur la Place et présentent les productions de leurs équipes. Cette année, les partenaires de l’édition 2015 des « Sciences sur la Place » comprennent le centre AgroParisTech Nancy – CNRS (Délégation Centre-Est & Inist) – le Conservatoire et jardins botaniques de Nancy – l’Inra – l’Inserm Grand-Est – le Muséum-Aquarium de Nancy et l’Université de Lorraine – PUN éditions universitaires de Lorraine.

Près de 150 ouvrages scientifiques à destination du grand public dont une quinzaine d’ouvrages INRA seront présentés et proposés à la vente Place Carrière à Nancy. Une trentaine d’auteurs viendra à la rencontre du public lors de séances de dédicaces et de causeries scientifiques. Ce sera notamment l’occasion de rencontrer 4 auteurs, chercheurs ou ingénieurs à l’INRA — Deux d’entre eux sont des auteurs des productions (d’éditions Quae) soutenus par LabEx ARBRE ; Marie-Christine Trouy et Francis Martin.

Vendredi 11 septembre de 14h à 19h — Francis Martin viendra dédicacer son ouvrage ” Tous les champignons portent-ils un chapeau ? 90 clés pour comprendre les champignons”.

Dimanche 13 septembre de 10h à 14h — Marie-Christine Trouy dédicacer son ourvrage “Anatomie du bois — Formation, fonctions et identification”

Des chercheurs du centre Inra de Nancy-Lorraine proposeront également une animation pour les scolaires le vendredi 11 septembre (Place Stanislas) sur “La vie cachée des sols”. Afin d’éclairer le livre “Tous les champignons portent-ils un chapeau ?“, des chercheurs des unités IAM (Interactions Arbres-Microorganismes UMR Inra-Université de Lorraine) et LAE (Laboratoire Agronomie et Environnement UMR Inra-Université de Lorraine) feront voyager les élèves vers l’infiniment petit. Grâce à des loupes, des microscopes et un dispositif d’expérimentation original, ils transporteront les enfants dans le monde des champignons. Et pas n’importe lesquels, celui des Truffes ! Au programme également : une plongée dans l’univers enchevêtré des racines végétales.

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Lien vers le site des Sciences sur la Place
Télécharger le Programme Sciences sur la Place

Le mardi 8 septembre,  Alistair Jump, professeur à l’Université de Stirling et spécialiste de la réponse des plantes aux changements climatiques a présenté un séminaire intitulé:

“Differential impacts of chronic and acute drought across the geographic range of tree species”

Centre INRA de Nancy-Lorraine
mardi, 8 septembre

Résumé :
Ongoing changes in temperature and precipitation regimes are driving shifts in species distributions and community composition.   In forest trees, the most conspicuous changes are occurring at the range edges, where expansion to higher altitudes and latitudes is frequently observed.   Range retractions at low altitudes and latitudes are less commonly reported, partly since expansion occurs through rapid establishment, whereas contraction is associated with the typically slower death of existing adults. However repeated reproductive failure despite continued adult growth can predispose populations to rapid future decline, while in a community context, differential impacts of climate change on co-occurring species can lead to sudden and unpredictable shifts in competitive dominance between species.  I will discuss recent experimental and observational work on temperate tree species in which we have assessed impacts of both chronic and acute changes in climate across different populations and genotypes.  Mechanisms including altered phenology, biomass allocation, and carbon economy lead to differences in fitness at the population level.  However, even within populations, individual variation in drought resistance can translate into significant community-level impacts.  Understanding the scale and pattern of variation in drought resistance within species is key to predicting their presence and abundance over future decades.

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Visitez le profile de Alistair Jump, professeur à l’Université de Stirling
Lire le résumé de son article publié en 2013 dans le journal Functional Ecology : Extreme drought alters competitive dominance within and between tree species in a mixed forest stand

Dr. Kambiz Pourtahmasi presents :
“Wood Biology Research at the University of Tehran, Iran”

Salle Tilleuil, INRA Champenoux
jeudi, 27 août  2015
13h30

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Dr. Kambiz Pourtahmasi, associate professor at the University of Tehran, Department of Wood & Paper Science and Technology, Faculty of Natural Resources, will be presenting a seminar before leaving INRA.

Dr. Pourtahmasi specializes in wood formation (anatomy) and dendrochronnolgy. He has worked in the past with colleagues in Germany and Switzerland with the Swiss Federal Institute for Forest, Snow and Landscape Research (WSL). He has also been actively involved with several PhD projects with our own colleagues in Montpellier (such as Jospeh Gril, CNRS) concerning the broader implications of wood science. Currently, Dr. Pourtahmasi is working in collaboration with the LERFOB unit (the PhD project of Masoumeh Saderi, supervised by Cyrille Rathgeber).  Dr. Pourtahmasi’s visit was made possible by support from LabEx ARBRE.

Francis Martin followed Josh Neufeld for his interests in microbial ecology and developing new approaches in microbial metagenomics. Josh followed Francis for his agile use of the social media tool employing visual descriptions to communicate his expertise and passion for mycorrhizae and the mycology/ecogenomics link. They met for the first time on July 24 when Josh, an associate professor at the University of Waterloo in Ontario, Canada – presented a seminar to the IAM team at the INRA center in Champenoux.

The Title : Unearthing soil biogeochemistry through stable-isoptope probing and metagenomics.

Abstract:
Exploring microbial diversity represents an exciting frontier of biological research. Recent developments in molecular methods have enabled unprecedented access to microbial community composition, including active, uncultivated, and novel microorganisms. This talk will highlight two stable-isotope probing studies from my research group that are anticipated to interest scientists at INRA, including a) exploring degraders of plant-derived substrates in order to retrieve novel glycoside hydrolases from functional metagenomic libraries, and b) targeting denitrifying bacteria in agricultural soils to identify denitrifiers that would likely not have been detected with existing probes and primers. These studies demonstrate the value of isotope-based enrichment of active microbial community members for exploring soil biogeochemical cycling, while generating new enzyme targets with potential biofuel and bioproduct applications.

On Twitter

Josh expressed his appreciation for how Twitter is an excellent tool for encouraging students to engage in science within a framework that can be maintained professionally – but while also providing a platform for experienced researchers to exchange expertise – or like what took place here, to learn about what’s happening in other labs. “It connects us when we would not have otherwise crossed paths”.

To learn more about how this meeting came about, read the short  Interview with Francis Martin

L’appel à projets 2016 a pour objective principal de stimuler la mise en place de programmes de recherche internationaux en lien avec les actions thématiques d’ARBRE, se situant sur des fronts des science ou présentant un potentiel de valorisation important.

Un objectif prioritaire d’ARBRE est également de promouvoir le couplage entre recherche et formation. Les actions de formation et de médiation scientifique mobilisant les activités des équipes du LabEx sont donc aussi fortement encouragées.

Date limite de dépôts des projets : 30 septembre 2015
par e-mail à: klett@nancy.inra.fr

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• Appel à projets 2016
• Formulaires

Christine Strullu-Derrien, chercheure du Muséum d’Histoire naturelle de Londres effectue un séjour de 6 mois dans l’unité IAM, dans le cadre du LabEx ARBRE. Christine est une paléobotaniste et paléomycologiste tentant de reconstruire l’histoire évolutive des plantes et de leur interaction avec les champignons et les oomycètes. Elle a également étudié les premiers fossiles de bois et tente d’en reconstruire la structure hydraulique et la composition. Elle s’efforce de coupler paléobotanique et phylogénomique et d’insuffler une vision moderne à une discipline qui est en train de faire sa révolution grâce à la microscopie laser et la microtomographie synchrotron.

Veuillez suivre ce lien pour l’interview qu’elle nous a accordée récemment.
ARBRE Interview — Christine Strullu-Derrien

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En passant par la Bouzule, vous pourrez découvrir un nouveau dispositif expérimental… Il s’agit d’un dispositif atelier agroforestier porté par l’UMR (INRA-UL) Écologie et Écophysiologie Forestières (EEF) en étroite collaboration avec l’UMR (INRA-UL) Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE) dont l’installation a débuté il y a un an dans le cadre d’un projet financé par le Labex ARBRE (Agro-TCR).

Qu’est-ce que l’agroforesterie ?
L’agroforesterie est définie comme l’association intime des arbres aux productions agricoles. Cette pratique innovante apparait comme une voie de diversification écologique des exploitations agricoles dans le contexte agricole européen.

Quel est l’objectif du projet ?
L’objectif est de mettre en place une plantation atelier associant des espèces fixatrices d’azote (aulne, luzerne) aux espèces d’intérêt économique (peuplier, blé) sur une parcelle agricole de l’exploitation expérimentale de la Bouzule située sur la commune d’Amance. La plantation de 5 hectares est composée de placettes strictement « forestières » (peuplier pur, aulne pur, mélange peuplier / aulne), de placettes strictement agricoles (blé pur, luzerne pure) et de placettes agroforestières associant les arbres aux cultures agricoles (mélange peuplier/luzerne, mélange aulne/blé) de façon à pouvoir évaluer l’effet fertilisant des fixateurs d’azote sur les non fixateurs. En complément, deux mélanges herbacés de couverture ont été semés dans les placettes composées uniquement d’arbres, afin d’estimer leur effet sur la croissance des arbres et inversement, ainsi que l’effet de la plantation sur la diversité du cortège floristique et sa dynamique durant la période d’exploitation des plantations. Ce dernier objectif vise à étudier une façon de pallier à deux aspects négatifs très décriés des monocultures : leur faible biodiversité et leur impact sur le paysage. L’instrumentation du site est en cours. Elle comprend déjà une station météo qui relève en continu l’humidité et la température atmosphérique et des sondes placées à différentes profondeurs dans les différents types de placettes permettant de suivre l’évolution de l’humidité et de la température dans le sol.

Quels sont les enjeux de cette installation ?
Les enjeux du site sont triples, être un site expérimental de recherche, un lieu de formation et une vitrine pour les agriculteurs lorrains qui ont des questionnements sur la faisabilité technique de ces systèmes.

Encore en phase de construction, ce dispositif expérimental pourra d’ici quelques années servir de support à de nombreux projets et partenariats de recherche.

En Savoir Plus

Peter Oviatt est doctorant dans le domaine de l’Histoire, de l’Anthropologie et de l’étude des Sciences et Technologies (HASTS) à l’Institut de Technologie du Massachusetts (MIT). Il étudie les interactions entre les champignons, les plantes et l’activité humaine, particulièrement dans les zones fortement impactées par ces derniers. Que ce soit dans des jardins urbains, des truffières ou de vastes monocultures intensives, son intérêt se porte sur la rhizosphère : partie du sol en contact avec les racines, là où champignons et arbres se rencontrent. Peter étudie la progression du corpus de connaissances relatives aux champignons du sol et leurs symbiontes, ainsi que de la façon dont ils sont perçus. Il porte une attention particulière aux collaborations, scientifiques ou non, … Très intéressé par l’application de ces connaissances et de leur impact sur les sociétés humaines et les paysages, Peter porte une attention particulière aux différentes collaborations, scientifiques ou non, allant dans ce sens.

Son principal sujet d’étude est la symbiose mycorhizienne, association entre certains champignons filamenteux du sol et la plupart des plantes terrestres. Avec l’exploitation des champignons mycorhiziens, utilisé en tant que fertilisant, dépolluant ou bien encore pour la production de champignons comestibles, une véritable économie basée sur l’exploitation de la symbiose mutualiste mycorhizienne est née, dont la complexité sociale requiert une étude approfondie. Suite à l’intérêt grandissant pour les champignons la perception du public sur ces organismes évolue rapidement. A travers son travail sur la symbiose mycorhizienne, Peter espère apporter un nouveau regard sur des sujets aussi divers que l’agro-écologie, l’usage des sols et les sciences de l’environnement au sens large.

Peter est à Nancy cet été pour travailler avec les chercheurs du LabEx ARBRE dans l’UMR Interactions Arbres/Microorganismes (IaM), dont François Le Tacon, Francis Martin et Claude Murat.  Il est encore au stade préliminaire de son travail de recherche, et souhaite donc rencontrer différents chercheurs du domaine pur acquérir une meilleure compréhension de leur travail, et élargir son réseau de connaissances.

Nous remercions Peter d’avoir accepté de nous raconter son parcours. Veuillez suivre ce lien pour lire son interview (en anglais) —  ARBRE Interview — Peter Oviatt

Le séminaire de restitution du Projet Interface ONF-INRA a été présenté le 23 Juin par Paulina Pinto, Dr. en Sciences Forestières d’AgroParisTech et Chargée de mission du projet d’interface « Nouveaux outils d’aide à la décision forestière dans un contexte de changement climatique».

Ce séminaire a réuni 40 participants : Chercheurs de l’INRA, de l’IGN, Enseignants chercheurs d’AgroParisTech, membres de la RDI et Gestionnaires de l’ONF, ainsi que des représentants de la forêt privée.

Quentin Ponette, Professeur de l’Université de Louvain, Olivier Picard, Directeur de l’IDF-CNPF et du RMT Aforce et Eric Lacombe, Professeur de sylviculture à AgroParisTech ont animé des discussions autour de trois sujets relatifs : (i) aux nouvelles méthodes de description des stations forestières par bioindication, (ii) à la prédiction de la distribution des essences comme outil d’aide à la décision dans un contexte climatique changeant et (iii) à l’application de ces nouveaux outils à l’échelle de l’aménagement forestier.

Les liens de ces trois présentations de ce séminaire sont disponibles ci-dessous :

• Présentation — session 1
  Développement de nouveaux outils pour la caractérisation stationnelle
  
• Présentation — session 2
  Modèles de distribution comme outils pour le choix des essences
  
• Présentation — session 3
  Application à l’échelle locale
  

Crédit photo:  M. Meuret – INRA