Ecological Function and Biodiversity Indicators in European Soils

The EcoGenomics lab of the Tree-Microbe Interactions Department (INRA-Nancy) organized on September 17^th, 2013 a workshop for EcoFINDERS’s graduate students and post-doctoral fellows.

The bioinformatics course was held within the framework of the EcoFINDERS’s WP3 and aimed to enable microbial ecologists to acquire basic bioinformatics skills for analyzing the sequence datasets generated by 454 pyrosequencing of DNA barcodes from the EcoFINDER’s LTO soil samples.

The course provided a platform for discussion of the key questions and challenges in the field of high-throughput microbial DNA sequencing. It has been delivered using a mixture of lectures, computer-based practical sessions and interactive discussions. Speakers provided an overview of key issues that affect bioinformatics tools for the analysis of microbial DNA barcoding data. Robert Griffiths (CEH, UK), Sébastien Terrat (INRA Dijon), Marc Buée, Vincent Hervé, Benoit Marçais, Francis Martin, Emmanuelle Morin, Claude Murat, Thibaut Payen and Emilie Tisserant (INRA Nancy) contributed to the lectures and practical sessions.

Twenty-three participants from Germany, Denmark, UK, France, Italy, Netherland and Portugal attended the course. The workshop was funded by EcoFINDERS and the Lab of Excellence ARBRE.

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EcoFinders Project
Summary

Soils provide numerous essential ecosystem services such as: primary production (including agricultural and forestry products); regulation of biogeochemical cycles (with consequences for the climate); water filtration; resistance to diseases and pests; and regulation of above-ground biodiversity.

However, soils are subjected to many threats, so there is an urgent need to preserve this resource which is not renewable at the Human time scale. The European Commission wants to define a policy for the sustainable management of soils with a view to adopting a legally binding Soil Framework Directive, such as exists for air and water. Scientific and technological knowledge on soil biodiversity and functioning in relation with the above mentioned ecosystem services is required to reach this goal.

Soils host a huge biodiversity (microbes and fauna) of which our understanding remains very limited. Our lack of knowledge is related to: the small size of the soilborne organisms; their immense diversity; the difficulty in isolating them; and the great heterogeneity of their habitats across different scales. However, recent progress in the molecular characterization of soil biodiversity offers the exciting prospect of exploring its complexity and better understanding its functioning.

The EcoFINDERS (Ecological Function and Biodiversity Indicators in European Soils) project aims to result in:

• at the scientific level, increasing our knowledge of soil biodiversity and its role in ecosystem services across different soils, climate types and land uses
• at the technological level, the standardization of methods and operating procedures for characterizing soil biodiversity and functioning, and the development of bioindicators
• at the economic level, the assessment of the added value brought by cost-effective bioindicators, and of cost effectiveness of alternative ecosystem service maintenance policies.

The soil biodiversity studied includes microbes (archaea, bacteria, fungi) and fauna (protozoa, microarthropods, nematodes, oligochaeta), and their relation with above-ground biodiversity.

This European project, coordinated by INRA, gathers together 23 partners from 10 European countries plus China, to harness expertise in ecology, biodiversity, environmental economy, modeling, bioinformatics and database management.

Contact
Dr. Philippe LEMANCEAU, project coordinator, Tel. +33 3 80 69 30 56, philippe.lemanceau (at) dijon.inra.fr

Grâce au soutien du Labex ARBRE, nous accueillons début octobre deux chercheurs québécois spécialisés dans l’utilisation de la technologie Lidar terrestre en Forêt.

Applications du LiDAR terrestre en forêt

La technologie émergeante du T-Lidar (Lidar terrestre) permet une acquisition à haute résolution et à grande vitesse d’une description très précise d’une scène forestière sous la forme d’un nuage de points en trois dimensions.  L’enjeu scientifique consiste à convertir ces données ponctuelles en informations géométriques synthétiques fournissant des variables dendrométriques ou écologiques d’intérêt..

Intervenants :

Richard Fournier, Professeur, Université de Sherbrooke
Jean-François Côté (PhD), Centre canadien sur la fibre de bois
Thierry Constant (PhD), LERFoB – INRA
Alexandre Piboule (PhD), Office National des Forêts

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16 octobre 2013 à 9h30

AgroParis Tech – Amphithéatre A
14 rue Girardet, 54000 Nancy

Pour l’afffiche détaillé veuillez cliquer ici – Conférence T-Lidar

25 septembre 2013

Ingénieur de recherche au Laboratoire d’études des ressources forêt-bois (LERFOB, UMR Inra-AgroParisTech) à l’INRA de Nancy, Jean-Claude Pierrat est distingué pour les éminents services rendus aux équipes de recherche LERFOB et  IAM dans les domaines statistiques et informatiques. Il a assuré avec créativité et efficacité un appui méthodologique pertinent au traitement statistique des données et a contribué à produire des résultats originaux dans les domaines aussi variés que la microbiologie, la pathologie, l’écologie végétale ou l’inventaire forestier. Il a également contribué à introduire en écologie forestière l’utilisation de méthodes statistiques récentes qui s’appuient sur le calcul intensif et le ré-échantillonnage de bases de données.

Pour ceux qui sont curieux de savoir ce que récompense cette médaille :

La médaille de vermeil récompense des collaborateurs techniques proches de la retraite qui ont rendu, au cours de leur carrière, d’éminents services à des équipes de recherche, ou des responsables de travaux récents et encore peu connus, mais dont il apparaît déjà clairement qu’ils auront des conséquences importantes. Cette médaille peut également distinguer des auteurs d’ouvrages dont l’analyse a été faite par l’Académie et dont la qualité et l’originalité sont particulièrement remarquables.

Bravo Jean-Claude!

Natacha Clairet a effectuée son Master 2 suivi d’un stage de recherche de deux mois au LERFoB (UMR1092). Elle a participé à la conférence ClimTree 2013 (Climate Change and Tree Responses in Central European Forests) qui s’est tenue du 1 au 5 septembre 2013, à Zürich. L’objectif de cette manifestation, organisée dans le cadre de la célébration de l’anniversaire des 20 ans de l’Institut Forestier Européen (EFI), était de faire le point sur les recherches concernant l’impact des changements climatiques sur les forêts du centre de l’Europe. Natacha a obtenu le premier prix pour son poster intitulé : “Interactions between climate-growth relationships and tree social status in a mature silver-fir plantation”.

Dans ses recherches, Natacha a pu montrer que des sapins de statuts sociaux différents, bien qu’ayant des calendrier de formation du bois contrastés, répondaient de façon similaire aux variations climatiques inter-annuelles.

Natasha est actuellement à la recherche d’une bourse de thèse pour démarrer une carrière scientifique après des débuts très prometteurs.

Toutes nos félicitations !

Plusieurs centaines de personnes de toute l’Europe voire au-delà sont attendues à Nancy du 23 au 27 septembre pour célébrer 20 ans de recherches forestières en Europe.

 

Parmi les moments-clés de la semaine, le forum “Our forests in the 21st century – ready for risks and opportunities?” le mercredi 25 septembre au Palais des congrès de Nancy, suivi de la rencontre “Risks to European Forests – What added value can a European Forest Risk Facility provide?” le 26 septembre, toujours au Palais des congrès. Cliquez ici pour télécharger la 2^nde annonce en anglais.

Parmi les intervenants déjà confirmés pour la journée du 25 septembre figurent des noms de prestige comme le Pr. Dr. Eduardo Rojas-Briales (FAO), Dr. Janez Potočnik (commissaire à l’environnement, Commission européenne), M. Kriton Arsenis (Parlement européen) ou Mme. Jan McAlpine (Forum des Nations Unies pour les forêts).

A noter également, une table ronde grand-public le mardi 24 septembre à 20h au Muséum-aquarium de Nancy (« Forêts d’Europe : prêtes pour l’avenir ? ») et deux sorties de terrain le vendredi 27 septembre (sortie à la demi-journée le matin à Champenoux et sortie à la journée en forêt de Haye).

Enfin, plusieurs réunions parallèles et évènements satellites auront lieu autour de la semaine évènementielle. Plus d’infos sur le site officiel de l’évènement (en anglais).

L’événement est co-organisé par l’Institut européen des forêts (EFI) à travers son bureau régional pour l’Europe centrale et l’Observatoire européen des forêts (EFICENT-OEF), l’Institut national de la recherche agronomique (Inra), l’Université de Lorraine, AgroParisTech, le GIP Ecofor et le Labex ARBRE.

 

Il était question de chalarose du frêne sur France Inter la semaine dernière (http://www.franceinter.fr/emission-lactu-pres-de-chez-vous-la-maladie-du-frene-avec-vosges-matin), suite à un article assez détaillé dans Vosges Matin (http://www.vosgesmatin.fr/vosges/2013/07/01/les-frenes-malades-et-menaces). Ci-joint une copie de l’article qui mentionne les travaux de l’équipe.

Vendredi 12 juillet, 13h30 – 15h30 (INRA Champenoux), Salle de Conférence

Le 12 juillet, nous recevrons à l’INRA de Nancy la visite de deux chercheurs d’excellence spécialistes de l’écophysiologie des arbres; Annie Desrochers de l’université du Québec et Andrew Merchant de l’Australian Research Council. Tous deux nous présenterons leurs travaux de recherche en salle de conférence de l’INRA.

13h30 : Annie Desrochers,  professeure à l’Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue, Institut de recherche sur les forêts (IRF), Unité de recherche et de développement forestiers de l’Abitibi-Témiscamingue (URDFAT) qui présentera ses travaux portant sur les liens racinaires entre les arbres (voir le résumé ci-dessous).

Résumé de la présentation :

Les arbres sont généralement considérés comme étant des individus distincts, en compétition les uns avec les autres pour les ressources. Cependant, plusieurs espèces d’arbres d’Amérique du Nord sont interconnectés par les racines, ce qui vient défier les notions classiques d’écologie forestière, puisqu’au travers ces liens racinaires, les arbres peuvent se partager l’eau, les sucres et autres composés secondaires. Depuis une dizaine d’années, nous avons excavé les systèmes racinaires de plusieurs peuplements de diverses espèces (Populus tremuloides, Populus balsamifera, Pinus banksiana, Picea mariana, Pinus resinosa) et découvert des taux d’interconnections racinaires entre les arbres très élevés. Nous avons démontré que la réponse des arbres à la défoliation (niveau de l’arbre) ou à l’éclaircie commerciale (niveau de la forêt) pouvait être affectée par les liens racinaires. Pour une espèce clonale (Populus tremuloides), nous avons trouvé que les greffes racinaires pouvaient permettre la conservation de génotypes disparus de la canopée sous terre, jusqu’à la prochaine perturbation qui leur permettrait de revenir par drageonnement. Ces exemples nous indiquent que les arbres peuvent directement affecter la physiologie de leurs voisins par les liens racinaires et que les forêts où les arbres partagent un système racinaire commun devraient être considérées comme des organismes uniques. Les liens racinaires sont donc importants pour l’écologie forestière et devraient être considérés dans l’aménagement forestier.

Son profil : http://chaireafd.uqat.ca/chercheurs/PageIndividus_f.asp?IdCollaboration=25

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14h15: Andrew Merchant, de l’Australian Research Council fellow in plant metabolism (The University of Sydney), en visite à Nancy, nous fera une présentation intitulée:”Transcriptome responses to long term water deficit among eucalypt species of contrasting ecotype”.

Son profil : http://sydney.edu.au/agriculture/staff/find_staff_member/staff_profiles/andrew_merchant.shtml

Venez nombreux !

Jessy Labbé, chercheur de la Biosciences Division du Oak Ridge National Laboratory (USA) est accueilli pour quelques semaines par l’Equipe d’Ecogénomique des Interactions de l’UMR IaM. Dans le cadre du projet Plant-Microbe Interfaces du Département de l’énergie américain (DOE), il cherche à identifier les QTLs de mycorhization chez le Peuplier en collaboration avec François Le Tacon et Francis Martin. Le séjour de Jessy est financé par le labex ARBRE. Jessy est un ancien doctorant de l’UMR IaM.

Atelier REGEFOR 2013, les 10, 11 et 12 Juin sur le campus de l’INRA à Champenoux

En forêt, le maintien de la fertilité, qui englobe l’ensemble des paramètres physiques, chimiques et biologiques déterminant l’aptitude d’un sol à soutenir une production, n’est pas une préoccupation récente des chercheurs et des gestionnaires. Les grands principes visant à garantir la « bonne gestion » des sols forestiers sont connus, du moins dans leurs grandes lignes, et largement appliqués dans la pratique.

Cependant, l’intérêt que porte la société à cette question a fortement évolué au fil du temps en fonction du contexte énergétique, économique et environnemental. Des enjeux nouveaux et les tensions qui en résultent caractérisent la période actuelle. Les engagements pris par la France en matière de récolte accrue de biomasse forestière, l’évolution des itinéraires sylvicoles et le recours croissant à la mécanisation sont des évolutions susceptibles d’impacter la fertilité. L’adaptation de la gestion au changement climatique, et l’intérêt croissant de la société pour la conservation de la biodiversité appellent d’autres inflexions de la gestion qui ne sont pas sans effet sur la fertilité des sols.

L’Atelier Regefor 2013 propose un point sur les connaissances sur la fertilité des sols forestiers et les cycles biogéochimiques des principaux nutriments dans les écosystèmes forestiers. Il s’appuie sur des approches d’écologie et de biologie des sols et examine les interactions entre sylviculture, gestion des peuplements et fertilité. Il s’intéresse à la gestion à court terme de la fertilité, à des procédures de remédiation, mais également à des perspectives à long terme de son évolution dans le cadre des changements globaux. L’Atelier est essentiellement consacré aux forêts tempérées, mais s’intéresse aussi à des études de cas en forêt tropicale et dans les systèmes agroforestiers. C’est l’occasion de présenter des moyens d’investigation nouveaux (isotopes stables, métagénomique des micro-organismes du sol…), des outils d’aide à la décision et de débattre des pratiques et limites de la remédiation.

L’atelier comporte des sessions de présentations synthétiques, des sessions de présentations volontaires ainsi que des tables rondes et discussions. Il est organisé par l’Inra, AgroParisTech, l’Université de Lorraine, le Labex ARBRE et le GIP Ecofor.