20-21 janvier 2015
INRA Centre de Nancy-Lorraine
Salle LEGF
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Les Pezizomycètes sont une classe de champignons ayant divergée très tôt au sein des Pezizomycotina. Chez les Pezizomycetes se trouve des espèces mycorhiziennes, saprophytes et pathogènes ; toutefois  les interactions biotiques de nombreux taxons ne sont pas connues. Il est possible de retrouver des espèces dans le sol, la litière, les racines ou les excréments. Certaines espèces de Pezizomycètes sont bien connues grâce à leurs fructifications comestibles (que l’on appelle des ascocarpes) comme les truffes et les morilles. Ascobolus immersus, vivant dans les excréments d’herbivores (coprophile),  est aussi une espèce connue de de Pezizomycete qui a été introduite dans les années 1930 comme un organisme modèle pour des études génétiques. Malgré l’intérêt écologique et économique de plusieurs espèces de Pezizomycètes, à ce jour, seul le génome de deux espèces ont été publiés : Tuber melanosporum (Martin et al., 2010) et Pyronema confluens (Traegger et coll., 2013).

Pour combler le manque de données génomiques chez Pézizomycètes et pour permettre d’étudier l’évolution des stratégies de vie des champignons, les génomes et les transcriptomes de six Pezizomycetes supplémentaires ont été séquencés : A. immersus, Choiromyces venosus et Morchella conica, Terfezia boudieri, Tuber aestivum, Tuber magnatum.

Un atelier aura lieu à l’INRA-Nancy les 20 et 21 janvier 2015 pour discuter de la structure et l’évolution de ces génomes de Pezizomycetes. Cette réunion sera dédié aux discussions concernant les analyses de génomique comparatives de la structure de ces génomes mais aussi de leur répertoire de gènes.

Pour consulter le programme (en anglais) veuillez suivre ce lien:
Programme

Les 11 et 12 décembre, le conseil scientifique international (CSI) du LabEx ARBRE s’est réuni sur le site Inra de Champenoux. Ce conseil est composé d’un panel de scientifiques reconnus pour leur expertise dans les différents domaines d’activité du LabEx. Au cours de des deux journées, les membres du CSI ot pu interagir avec les membres du Bureau exécutif du LabEx et les responsables des projets LabEx et apprécier ainsi la qualité des travaux menés par notre communauté. Ils ont également visités les platformes et plateaux techniques du centre. Deux ans après sa mise en route, le CSI avait pour mission d’évaluer la pertinence de la stratégie scientifique du LabEx et des priorités affichées par les différentes actions thématiques. Dans un contexte international très compétitif, l’évaluation de nos travaux par le CSI était indispensable afin de nous positionner vis-à-vis des autres grands centres de recherches forestières européens et américains. Les avis, suggestions et conclusions du CSI seront pris en compte lors de l’évaluation et de l’arbitrage des projets soumis dans le cadre de l’appel d’offre 2015 de d’ARBRE. La prochaine réunion du CSI se tiendra fin 2016.

Veuillez suivre ce lien pour avoir plus d’informations  – Membres du CSI

Le 25 novembre dernier, le conseil régional de Lorraine organisait sa première soirée de l’enseignement supérieur, de la Recherche et des relations Science Société, lors de laquelle ont été annoncés les noms des lauréats des prix de la thèse et du chercheur. C’est également à cette occasion qu’a été remis pour la première fois le Prix Régional Science et Société.

Le projet de recherche participative SURVIVORS porté par le Labex ARBRE, l’INRA, le CPIE de Nancy-Champenoux, et le collège Duvivier d’Einville au Jard, s’est vu décerné une mention spéciale pour son caractère innovant. En effet, pendant trois ans, ce sont 80 collégiens qui vont vivre la recherche comme des chercheurs et s’ouvrir aux différents métiers de la recherche.

Mercredi 26 novembre avait lieu un autre temps fort du projet puisque les chercheurs se sont rendus dans les classes pour présenter les premiers résultats de l’expérience aux élèves.

Le projet SURVIVORS a par ailleurs été retenu par le comité de sélection de la conférence internationale Science & You, qui aura lieu à Nancy en juin 2015. Les élèves ont été invités par les chercheurs à participer à la réalisation du diaporama de présentation du projet, avec l’aide de leurs professeurs d’anglais.

Le séminaire bisannuel du GFPF (Groupe Francophone de Pathologie Forestière) s’est déroulé à Hendaye du 13 au 16 octobre 2014
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Organisé conjointement par le Département de la Santé des Forêts (DSF-MAAF) et l’UMR IAM avec un cofinancement du Labex ARBRE, ce séminaire a rassemblé trente-huit participants, provenant essentiellement du DSF, de l’INRA Bordeaux et de l’INRA Nancy-Lorraine, dont 10 agents (permanents ou non) de l’UMR IAM. Les sessions en salle (1 journée) ont permis à l’UMR IAM de diffuser leurs derniers résultats sur l’épidémiologie des principaux pathosystèmes abordés dans l’Unité (6 présentations orales) : la rouille du Peuplier, le Phytophthora de l’Aulne et la chalarose du Frêne.

Cette année, le séminaire était principalement axé sur les maladies émergentes d’origine exotique, comme la chalarose, l’encre du chêne et du châtaignier due à Phytophthora cinnamomi et surtout le Pitch Canker, une maladie sur Pin causée par Gibberella circinata. Ce champignon commun en Amérique du Nord et qui provoque des dégâts sur rameaux, branches, troncs et racines sur de nombreuses espèces de Pin et sur Douglas a été introduit en Europe à la fin des années 1990. Il est aujourd’hui bien implanté en Espagne et notamment dans le pays basque espagnol. En France, malgré quelques rares mentions au début des années 2000, la maladie ne s’est jusqu’à présent pas développée. Des visites de terrain en Espagne ont permis aux participants de se familiariser avec les symptômes de la maladie et de débattre sur le risque Pitch Canker en France, notamment dans le sud-ouest où le climat semble favorable et où la densité de plantations d’espèces sensibles est très élevée.

Claude Husson, animateur du GFPF

Pour plus d’informations sur le GFPF : https://colloque6.inra.fr/gfpf2014

Photo : Visite d’une pinède en Espagne avec présence de Pitch canker causé par Gibberella circinata

Un séminaire centré sur les interactions plante-champignon

17-18 novembre
INRA Nancy-Lorraine Centre,
Champenoux
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L’Unité Mixte de Recherche Interactions Arbres-Microorganismes, composante du Laboratoire d’Excellence ARBRE (INRA-Université de Lorraine, Nancy, France) et le Département des Interactions Organismes-Environnement (Institut Max Planck pour la Microbiologie terrestre, Marbourg, Allemagne) co-organisent un séminaire centré sur l’étude des interactions moléculaires entre plantes et champignons.

Le séminaire se tiendra les 17 et 18 novembre 2014 et comportera des communications orales, des sessions posters et différentes activités collectives (dont la visite d’une truffière expérimentale).

Le séminaire comportera trois sessions : (i) Signalisation (ii) Effecteurs, et (iii) Génomique comparative / Ecologie moléculaire. Au cours de ces trois sessions, des doctorants et post-doctorants des deux instituts présenteront leurs démarches conceptuelles et méthodologiques, ainsi que leurs travaux principaux. Nous espérons des échanges stimulants et bénéfiques  menant à de futures collaborations dans ce domaine de recherche émergent.

Pour plus d’informations, veuillez consulter ce lien – Page d’accueil du séminaire
Crédit photo : Cora Guennoc – INRA

Compte-rendu de la conférence International Union of Forest Research Organizations (IUFRO)
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Du 15 au 20 juin 2014 s’est tenue à Fort Collins (Colorado, USA) une conférence internationale de l’IUFRO intitulée “Challenges and Opportunities in Genetics of Five-Needle Pines and Rusts of Forest Trees Research: Conservation, Evolution and Sustainable Management in a Changing Climate“.

Cette conférence, qui a réuni pour la première fois deux groupes de travail de l’IUFRO (WP 2.02.15 Breeding and Genetic Resources of Five-Needle Pines & WP 7.02.05 Rusts of Forest Trees) et le groupe Strobusphere, a rassemblé 105 scientifiques venant du monde entier (Autriche, Canada, Chine, Finlande, France, Allemagne, Inde, Italie, Corée, Mexique, Portugal, Russie, Arabie Saoudite, Suède, USA, Viêt-Nam).

La conférence a porté principalement sur les avancées de la conservation des ressources génétiques, la génomique, la résistance aux rouilles, les impacts du changement climatique, et la dynamique évolutive. En plus des deux jours de conférences plénières et en parallèle, nous avons eu la chance de participer à trois visites de terrain dans les paysages grandioses des montagnes rocheuses : sud du Wyoming (écosystèmes à Pinus flexilis); Parc National des Montagnes Rocheuses (écosystèmes à P. flexilis); Mont Goliath et Mont Evans (écosystèmes à Pinus aristata).

Les principales questions abordées et les dernières découvertes dans le domaine ont concerné :

• Les progrès de la génomique chez les arbres forestiers (génome de Pinus lambertiana) et les rouilles des arbres forestiers (génomes des Cronartium spp. et des Melampsora spp.)
• Les travaux sur la résistance aux rouilles chez les arbres forestiers
• La biologie, l’épidémiologie, et les interactions hôte-pathogène
• La conservation des ressources génétiques des pins à cinq aiguilles
• L’impact du changement climatique sur les pins à cinq aiguilles

La recherche française était bien représentée, avec cinq participants (Inra Nancy & Orléans), dont trois de l’UMR IAM, qui remercient le LabEx ARBRE pour son soutien financier.

Contact P. Frey ; pascal.frey@nancy.inra.fr

Le LabEx ARBRE lance son quatrième appel à projets. Il a pour objectif de soutenir des projets originaux en accord avec les quatre actions thématiques du LABEX ARBRE (biologie intégrative, écologie fonctionnelle, bois-matériau et économie forestière), se situant sur des fronts de science ou présentant un potentiel de valorisation important. La multi-disciplinarité et le caractère intégratif seront privilégiés.

Un objectif prioritaire d’ARBRE est également de promouvoir le couplage entre recherche et formation. Des actions de formation et de médiation scientifique mobilisant les activités des équipes du LabEx sont donc aussi fortement encouragées.

Date limite de dépôt des projets : 1er décembre 2014
par e-mail à klett@nancy.inra

L’unité IAM (Interactions Arbres/Microorganismes) organise le premier workshop d’annotation du génome du Chêne

INRA Nancy-Lorraine Centre
5-7 novembre 2014

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Le génome du Chêne pédonculé Quercus robur a récemment été séquencé par l’UMR BIOGECO à l’INRA de Pierroton en collaboration avec le GENOSCOPE (CEA – Evry) et plusieurs équipes françaises dans le cadre du projet ANR GENOAK. Il s’agit là du premier génome de Chêne séquencé, un évènement important en génomique forestière, visant un arbre majeur pour la recherche forestière française.

Le workshop d’annotation du génome du Chêne organisé sur le Centre INRA de Nancy Lorraine du 5 au 7 novembre 2014 regroupera une trentaine de scientifiques français et étrangers qui étudieront des gènes d’intérêts au sein du génome en lien avec des caractères spécifiques du Chêne pédonculé. Le but de ce workshop est de fournir aux scientifiques concernés les outils et les méthodes pour valider les quelques 50000 gènes identifiés dans ce génome par des méthodes bioinformatiques. L’UMR 1136 Interactions Arbres-Microorganismes qui organise ce workshop avec le soutien du Labex ARBRE, s’appuiera sur son expertise dans l’annotation des génomes eucaryotes pour contribuer à l’analyse de ce génome.

Lien projet GENOAK : https://w3.pierroton.inra.fr/QuercusPortal/index.php?p=OAK_GENOME_SEQUENCING

Contact : Christophe Plomion (plomion@pierroton.inra.fr)
Crédit photo : Antoine Kremer – INRA Pierroton