Exploring Symbiotic Genomes and Transcriptomes
Responsable scientifique : Annegret Kohler (UMR 1136 Interactions Arbre/Micro-organismes – IAM)
Partenaires Labex : Emmanuelle Morin (IAM), Francis Martin (IAM)
Collaboration : JOINT GENOME INSTITUTE (JGI), USA – Un Ingénieur d’étude (recruté dans le cadre de ce projet)
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Contexte— Les essences forestières sociales des régions boréales et tempérées mobilisent et absorbent l’eau et les éléments nutritifs du sol par l’intermédiaire des champignons symbiotiques qui vivent en association avec les extrémités de leurs racines fines. Les champignons mycorhiziens connectent les arbres avec le sol, d’autres arbres et microorganismes, mais encore très peu est connu concernant la régulation des gènes (=analyse transcriptomique) derrière ces interactions complexes.
Objectifs— Notre recherche vise à améliorer les connaissances des fonctions impliquées dans les interactions symbiotiques champignons-arbres par l’analyse bioinformatique des données de génomique et de transcriptomique de 15 génomes de champignons de références qui vivent en symbiose ectomycorhizien, ericoid ou avec des orchidées. L’expression des gènes pendant le développement de la symbiose va être comparé avec l’expression des gènes d’un mycélium sans contacte avec l’arbre. Ces analyses vont surtout cibler les voies de signalisation, le métabolisme primaire et de la dégradation.
Démarche— Analyse transcriptomique et exploitation des données génomiques par le bioinformaticien recruté dans le cadre de ce projet :
- Quantification de l’expression des gènes
- Expression différentielle et analyse des réseaux de co-expression
- Mise en forme des données par des outils de visualisation et analyses statistiques.
Résultats et impacts attendus — Ces dernières années, l’effort conjoint de l’INRA et du JGI (Joint Genome Institut) a permis d’acquérir des données (séquences génomiques) de références sur près d’une trentaine de champignons mycorhizien. Les analyses bioinformatiques des données d’expression (transcriptomiques) devraient ajouter une toute nouvelle valeur à ce travail viser à comprendre le développement et l’évolution des champignons mycorhiziens.
