Offre de CCD de 2 ans niveau Ingénieur d’Etudes

Comment identifier les foyers de Phytophthora ramorum en France ?

Encadrants : Benoit Marçais, UMR IAM, INRA-Nancy & Renaud Ioos, Laboratoire de la Santé des Végétaux, ANSES Nancy

 

Phytophthora ramorum est un parasite polyphage infectant des arbres de familles très diverses (en particulier Lauracées, Fagacées, Ericacées et Pinacées). Il a été initialement décrit pour ses dégâts sur Fagacées dans l’ouest des USA (« Sudden Oak Death »). Mais, il a ultérieurement démontré sa capacité à provoquer des épidémies sévères sur des hôtes sur lesquels il n’était pas du tout attendu : alors que le hêtre a une sensibilité reconnue et était la cible attendue de l’épidémie en Europe, l’essence fortement impactée en Grande-Bretagne a finalement été le mélèze du japon (« Sudden Larch Death »). Toutefois, des Fagacée tels que le chêne vert et surtout le châtaignier restent des candidats possibles pour un développement ultérieur de l’épidémie car, comme le mélèze, ils peuvent multiplier l’inoculum et présentent une sensibilité de l’écorce significative. Ce parasite représente donc un risque majeur et est classé comme organisme de quarantaine en Europe (soumis à éradication).

Phytophthora ramorum a été identifié en Bretagne en 2017 dans plusieurs peuplements de mélèzes. Le projet proposé est centré sur le développement de méthodes permettant d’identifier de façon fiable les foyers de P. ramorum en Bretagne afin d’optimiser les mesures de gestion de ces derniers. L’accent sera mis sur la capacité à détecter le parasite le plus précocement possible dans divers supports (air, eau, litière, plante), soit par isolement mycologique, soit par méthode de détection moléculaire (qPCR), dans le but d’améliorer la surveillance du parasite en milieu naturel, en particulier dans les cours d’eau, et de limiter sa propagation. Dans un second temps, l’hypothèse que le mélèze est le seul hôte compétent à considérer sera testée. Pour cela, la capacité de différents ligneux à être infectés, à produire de l’inoculum en milieu naturel et a permettre la persistance du parasite dans l’environnement sera évaluée en ciblant préférentiellement les hôtes potentiels (châtaignier, chêne vert, frêne, rhododendron, viornes, myrtille, robinier …).

Pour réaliser ce projet, nous recrutons un(e) ingénieur(e) d’étude pour une durée de 2 ans à partir d’Août ou Septembre 2018. Le candidat(e) sera en charge des développements méthodologiques sur les techniques de détection à partir de tissus infectés ou d’eau de rivière (méthodes moléculaires ou de mycologie) et de la prospection de terrain (plusieurs semaines de déplacement dans le Finistère par ans). Une formation ou une expérience de travail en laboratoire (techniques de biologie moléculaire et de microbiologie) et / ou de travail sur le terrain dans le domaine de la protection des plantes est demandée. Le poste sera basé à l’INRA Grand Est à Champenoux.

Contact : benoit.marcais@inra.fr ; renaud.ioos@anses.fr

La date limite de candidature est fixée au 15/07/18.

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Soutenance d’HDR de Renaud Ioos (Anses LSV)

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La soutenance de l’HDR de Renaud Ioos (Anses, Laboratoire de la Santé du Végétal, Unité de Mycologie, Malzéville), intitulée “Détection et caractérisation de champignons et d’oomycètes phytopathogènes, maillons essentiels de l’évaluation et de la réduction du risque sanitaire”, a eu lieu mercredi 23 mai à 9h00 dans l’Amphi 7 de l’Université de Lorraine à Vandoeuvre-lès-Nancy, devant le jury composé de :

Marie-Laure Desprez-Loustau, Directrice de Recherche INRA Bordeaux, Rapporteur
Elisabeth Fournier, Directrice de Recherche INRA Montpellier, Rapporteur
Ivan Sache, Professeur AgroParisTech, Rapporteur
Pascal Frey, Directeur de Recherche INRA Nancy, Examinateur
Claire Veneault-Fourrey, Maître de Conférences Université de Lorraine, Examinatrice
Charles Manceau, Directeur Santé du Végétal ANSES, Examinateur

Résumé : Un système efficace de quarantaine phytosanitaire est un élément essentiel pour assurer la sécurité sanitaire des plantes, et protéger notre agriculture, notre foresterie, et notre environnement vis à vis de l’introduction ou de la dissémination de nombreux bioagresseurs. Mes travaux de recherche ont été consacrés aux champignons phytopathogènes, agents responsable de la majorité des maladies des plantes. Ils ont principalement visé à développer et fiabiliser des outils spécifiques de détection et d’identification de ces agents pathogènes, notamment les taxa responsables de maladies de quarantaine ou émergentes, et à contribuer à leur caractérisation génétique ou épidémiologique. Ces outils et ses connaissances participent à l’évaluation et à la réduction du risque sanitaire en prévenant l’introduction de nouveaux champignons pathogènes et en réduisant le potentiel d’installation et de dispersion. Mes projets de recherche s’attacheront à améliorer la détection de ces signaux émergents en exploitant de nouvelles technologies, et à explorer plus en profondeur la nature des nouveaux taxa de champignons phytopathogènes.

Abstract: An effective phytosanitary quarantine system is essential for ensuring plant health and protecting our agriculture, forestry, and environment from the introduction or spread of many pests and pathogens. My research has been devoted to phytopathogenic fungi, agents responsible for the majority of plant diseases. They mainly aimed at developing and making reliable specific tools for the detection and identification of these pathogens, including taxa responsible for quarantine or emerging diseases, and to contribute to their genetic or epidemiological characterization. These tools and knowledge contribute to the assessment and reduction of the health risk by preventing the introduction of new pathogenic fungi and reducing the potential for installation and dispersal. My research projects will focus on improving the detection of these emerging signals by exploiting new technologies, and to further explore the nature of new taxa of phytopathogenic fungi.

Vous êtes cordialement invités à la soutenance, ainsi qu’au pot qui aura lieu dans la salle de réunion du Département de biologie (entrée 1B, 7e étage).

L’unité IAM au Salon de l’Agriculture

Retour en images via Twitter sur 10 jours de folie pour notre unité au Salon International de l’Agriculture à Paris…

 

Post-doc position

Using Ascobolus immersus as a genetic model for understanding the sexual reproduction of the truffle.

Job description: The successful applicant will work for a joint project between INRA-Nancy-Lorraine, University Paris Sud and CNR-IBBR Perugia.

The aims of the project AscoTube are to 1) use Ascobolus immersus as a genetic model species to assess the truffle strains recognition in vitro and 2) better understand the truffle sexual reproduction in situ.

The successful applicant is expected:

1) to set cassettes and transform A. immersus with mating type genes from both Tuber melanosporum and Tuber indicum, previously identified by means of genomic and genetic tools;

2) to test the intra and inter specific recognition of these genes;

3) to follow the dynamics of strains of different mating type in the soils of truffle a plantation, in the root system and in the fructification.

Requirements

PhD in Microbiology or Molecular biology or related science.

Experience in molecular genetics, molecular biology as well as knowledge on fungal genetic transformation, soil DNA extraction and quantitative PCR will be an advantage.

Communicate in English with other members of the lab as well as other members of the project.

Working language(s): English, French and Italian

Application

Applicants should submit (1) a cover letter describing their research interests and background, (2) a detailed CV , and (3) the contact details of three referees.

Contact

Claude Murat, INRA Centre Nancy-Lorraine, UMR1136, 54280 Champenoux, France, claude.murat@nancy.inra.fr

Fabienne Malagnac, University Paris-Sud, UMR 9198, 91400 Orsay cedex, France, fabienne.malagnac@u-psud.fr

Francesco Paolocci, CNR Perugia, IBBR, Via Madonna Alta, 130, 06128 Perugia, Italy, francesco.paolocci@ibbr.cnr.it

Research Teams’ Publications

http://mycor.nancy.inra.fr/IAM/?page_id=318

http://www.i2bc.paris-saclay.fr/spip.php?article69

http://ibbr.cnr.it/ibbr/publications/

Employer: INRA Nancy-Lorraine

Department & Research Team: Tree-microbe-interactions UMR1136

Place of work: Nancy /France, Orsay/France (for short period) and Perugia/Italy (for 3-6 months)

Duration: 12 months starting September 2016

Salary & Working hours: INRA Post-Doc depending on experience, 38.5h/week

Application deadline: July 15th, 2016

 

 

 

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Post-doc position

Towards new eco-friendly strategies to limit fungal attacks on plants and wood

Project: The adaptive capacity of a target population of fungi is intimately correlated with the selective pressure exerted by its local niche. This is due to the chemical specificity of these niches, which could be rich in secondary metabolites in the case of plants or rich in lignin-derived compounds in the case of wood. We have shown that lignolytic fungi have expanded detoxification systems composed by cytochrome P450 monooxygenases (P450s) and conjugating enzymes, allowing them to detoxify a large panel of toxic compounds that could be released during the wood degradation process. These enzymes are known to be highly versatile (i.e. they accept various substrates), with high catalytic promiscuity (i.e. only small sequence variations could modify their catalytic properties and the type of reactions catalyzed). Hence, by rapidly acquiring new functions under environmental pressures (neofunctionalization), these enzymes are part of the mechanisms developed by fungi to adapt to their changing environment. Thus, thanks to their efficient detoxification and antioxidant systems, fungi are amazing organisms able to resist hostile environments.

This project aims both at evaluating the antifungal capacity of various environmental extracts from plants and wood, and at delineating the underlying molecular mechanisms explaining the growth phenotypes of various fungal strains observed in presence of the tested extracts. By coupling these two approaches, we expect identifying natural extracts with antifungal activity and deciphering how they affect fungal metabolism. The expected results could help better understanding fungal physiology, evolutionary history and adaptation, knowledge that are required for developing new eco-friendly strategies to limit fungal attacks on crops and on wood material.

Required skills: This project combines genomic, transcriptomic, physiological, biochemical and chemical approaches. The candidate needs to have a strong expertise in molecular biology, fungal microbiology and bioinformatics. For this project, he will benefit from the expertise of many scientists in the research unit (see website: http://mycor.nancy.inra.fr/IAM/) with a strong background in these disciplines and from external existing collaborations for sample extraction and chemical analyses, fungal genetic transformation, or for protein structural analysis.

Place of work: Stress Responses and Redox Regulation” team (http://mycor.nancy.inra.fr/IAM/?page_id=17). Faculty of sciences, Vandoeuvre-lès-Nancy, France

Form of employment: Temporary employment for one year funded by the Région Lorraine and Lorraine University, possibly renewable and starting in autumn 2016.

Applicants should sent a CV, including the names and contact details of three referees, and a covering letter addressing the selection criteria to Dr Mélanie Morel-Rouhier, e-mail: Melanie.Morel@univ-lorraine.fr, phone: +33 3 83 68 42 28.

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Postdoctoral Position in Comparative Genomics and Symbiosis Evolution

Institution: INRA, UMR IAM, Lab of Excellence ARBRE

Location: Nancy, France

Job Description: 

A postdoctoral researcher position is available immediately in the lab of Francis Martin at the Tree-Microbe Interactions Department at INRA in Nancy, France. Martin’s lab uses computational approaches to study how saprotrophic and symbiotic (mycorrhizal) fungi evolve and adapt to their environments. Ongoing projects fall into the following broad areas: 1) Studying the emergence of the symbiotic mutualism in fungal and tree species by phylogenomics; 2) Characterization of symbiosis-related genes by using comparative transcriptomics; and 3) Deciphering genomic signatures of fungal adaptations to carbon decay and sequestration in forest habitats by metatranscriptomics. More information about Martin’s lab.

Qualified applicant must have a Ph.D. in bioinformatics, computational biology, computer science, evolutionary biology or a related field with background and strong interest in molecular evolution of Fungi. The ideal candidate will already have some experience working with large genomic data sets from sequenced fungi or plants. This position requires a high level of proficiency in programming skills, and experience applying computational methods to genomic data is highly desirable. Applicants must possess good communication skills and be fluent in both spoken and written English (or French). Strong skills in the use of unix-based computer softwares, critical thinking, problem-solving abilities, and the ability to work semi-independently are also required. The responsibilities will include pipeline development for analyses of next-generation data sets and utilization of high-performance computing facilities.

The successful candidate should anticipate contributing to a variety of ongoing collaborative research projects with the Joint Genome Institute, including the 1000 Fungal Genomes project and the Mycorrhizal Genomics Initiative, with teams across France, Europe and the United States. In addition to becoming a part of a vibrant research and educational environment, the incumbent can take advantage of professional development programs offered by Laboratory of Excellence ARBRE.

The initial appointment is for one year with the possibility of renewal for up to two additional years contingent upon performance and funding. Review of applications will begin immediately and continue until the position is filled. Start date is July 1st, 2016 at the latest.

Interested applicants should send a single PDF file containing CV, one-page statement of research interests and contact information of three referees to Francis Martin at fmartin[at]nancy.inra.fr.

 

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Thomas Perrot, finaliste au concours MT180 sec !

Bandeau MT180

Venez nombreux pour soutenir Thomas, à la finale régionale du concours « Ma thèse en 180 secondes », qui aura lieu jeudi 28 avril, de 18h30 à 20h30, dans l’amphithéâtre Déléage (A027) du campus Lettres et Sciences Humaines de Nancy (23 boulevard Albert 1er). Entrée libre et gratuite !

Retrouvez l’interview de Thomas ici et plus d’infos ici.

Thomas Perrot MT180 b

CCD Ingénieur en Informatique

Nous sommes à la recherche d’un Ingénieur en Informatique pour un CDD de 1 an renouvelable 6 mois.
Le poste sera hébergé au sein d’une équipe de biologie évolutive et d’écologie à l’INRA de Nancy (UMR 1136 Interactions Arbres-Microorganismes).
La personne aura pour mission principale de contribuer au développement du logiciel EggLib (bibliothèque contenant des outils d’analyse pour la génétique des populations, http://egglib.sourceforge.net/) dans le cadre du projet ANR Gandalf. Les missions sont plus particulièrement : (1) d’améliorer la stabilité de la bibliothèque, (2) de la rendre plus facile d’accès pour les utilisateurs et (3) de faciliter les tâches de développement futures. Pour plus d’information, voir le profil détaillé joint à cette annonce.Formation requise :
Master (ou plus) en Informatique, idéalement avec option Ingénierie Logicielle. Le/la candidat(e) devra avoir l’expérience du développement et de la distribution de modules sous python, ainsi qu’une connaissance au moins théorique des méthodes et outils du développement logiciel. Un bon niveau de compréhension et de rédaction en anglais scientifique serait apprécié.Prise de fonction : mi-mars. Les candidatures seront examinées au fur et à mesure jusqu’à ce que le poste soit pourvu.Pour candidater, envoyer votre CV (incluant les noms et contact de 1 à 2 personnes référentes) et votre lettre de motivation à :
Stéphane De Mita : sdemita@nancy.inra.fr
ou
Fabien Halkett : halkett@nancy.inra.fr

Plus d’informations ici : profil CDD Gandalf
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Seminar: Martin Lascoux

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Pr. Martin Lascoux, Professor at the Department of Ecology and Genetics, Uppsala University (Sweden) will be at INRA-Nancy on Dec 15th for the PhD dissertation of Antoine Persoons. He will give a seminar in the conference room of INRA Nancy at 10:00 am on the following topic:

“Clinal variation and the genetic basis of adaptive traits in trees”

Here is an abstract of his seminar:

Identifying the loci underlying the variation in quantitative traits and detecting the selection acting on them remains, to this day, one of the main challenges in biology. Genome wide association studies (GWAS) have become the main approach to identify the genetic factors controlling complex traits. Limitations of GWAS have, however, started to become evident and different strategies have been offered to alleviate those. In particular, GWAS have limited power unless very large datasets are used. They therefore remain prohibitively expensive, and often not so informative, for non-model organisms with limited or nascent genome resources such as forest trees. So, at least in the short term, a more targeted strategy, combining common gardens, population genetics, physiological and expression studies of candidate genes remains a very fruitful alternative. We will illustrate this with recent studies of clinal variation in phenological traits in forest trees, with special focus on boreal conifers, oaks and poplars. Some general features emerge from these different studies: first, they confirm the presence of strong latitudinal clines in phenological traits such as growth cessation. Second, most of the studies highlight the importance of genes belonging to the photoperiodic pathway and the circadian clock in the control of growth cessation. For instance, in both Norway and Siberian spruces, FTL2, a homolog of the main integrators for flowering time in A. thaliana, exhibits evidence of local adaptation and significant latitudinal variation in expression. Finally, the study of parallel clines in phenological traits, offers a first glimpse at the importance of parallel or convergent evolution in forest trees. They thereby provide us with a bit of information on the genetic architecture of important adaptive traits.

Please join us for this seminar.